Только сегодня мы услыхали в ЦК, что в Питере рабочие хотели ответить на убийство Володарского массовым террором и что Вы (не лично, а питерские цекисты и чекисты) удержали. Протестую решительно. Мы компрометируем себя, грозим даже в резолюциях Совдепа массовым террором, а когда до дела, тормозим революционную инициативу масс, вполне правильную. Это невозможно — террористы будут считать нас тряпками. Время архиважное. Надо поощрять энергию и массовидность террора против контрреволюционеров, и особенно в Питере, пример коего решает.
Чекисты не успели найти убийц Володарского, как 30 августа 1818 года был убит М. С. Урицкий, возглавлявший Петроградский комиссариат внутренних дел и ЧК. Почти одновременно в Москве было совершено покушение на жизнь В. И. Ленина. 31 августа в средствах массовой информации было распространено сообщение ВЦИК, в котором прозвучал призыв к беспощадному массовому террору против врагов Революции. 1 сентября ВЧК выступила с заявлением:
Преступная авантюра с-р, белогвардейцев и всех других лжесоциалистов заставляет нас на преступные замыслы врагов рабочего класса отвечать массовым террором.
Народный комиссар внутренних дел Г. Петровский потребовал от местных властей взять заложников из буржуазии и офицерства и принимать в отношении заложников репрессии. Законность красного террора подтвердил Совнарком, принявший декрет, в котором указывалось, что обеспечение тыла путем террора является прямой необходимостью. Органам ВЧК предоставлялись чрезвычайные права:
право изолировать классовых врагов в концлагерях и расстреливать лиц, причастных к белогвардейским организациям, заговорам и мятежам, с опубликованием имен всех расстрелянных и оснований применения к ним данной меры.
Согласно официальным данным, в Москве и Петрограде было расстреляно около 600 человек, в основном это были дворяне (в том числе бывшие царские министры внутренних дел А. Н. Хвостов, А. Д, Протопопов, министр юстиции и председатель Государственного совета И. Г. Щегловитов, директор Департамента полиции С. П. Белецкий, протоиерей И. Восторгов и другие. Красный террор достиг пика в сентябре 1918 года, а потом пошел на спад. В дальнейшем в истории российского государства он не применялся. Кроме ВЧК, красный террор осуществляли Советы, революционные трибуналы, находившиеся в подчинении Льва Троцкого и Реввоенсовета Республики. Нередко такие меры применялись к арестованным военнослужащим Красной Армии и военнопленным, зачастую без достаточных на то оснований. Так, например, было с командармом Б. М. Думенко, расстрелянным в Бутырской тюрьме.
Для ВЧК этот период стал кровавым. Любой террор по отношению к человеку является антигуманным актом. Это в равной мере относится к белому и к красному террору. Ибо ненависть всегда порождала ненависть. Поэтому в сферу террора нередко попадали не только прямые участники военного и политического противостояния, но и совершенно посторонние люди, далекие от идеалов противоборствующих сторон.
Особо следует отметить, что преданность власти и жестокость в проведении репрессивной политики привели не к укреплению авторитета лидеров ВЧК в глазах власти, а к стремлению руководства государства при первых признаках стабилизации избавиться от лиц и органов, скомпрометировавших себя излишней жестокостью, пусть даже во имя государственных интересов, как они понимались в тот исторический период. Эта особенность взаимоотношений власти и спецслужб, ведущая к регулярному реформированию последних, с устранением зачастую, в основном физическим, их руководящего звена, неоднократно повторялась в отечественной истории. В то же время руководители секретного ведомства не замечали или не хотели замечать эту особенность, по-видимому, они наивно надеялись, что им в силу каких- либо причин удастся избежать трагической судьбы своих предшественников, и платили за свои заблуждения — кто карьерой, кто здоровьем, кто свободой, а кто и жизнью.