В свободные от работы дни, которых стало гораздо больше, чем прежде, Байбаков любил пройтись к Патриаршим прудам, прогуляться по Старому Арбату, заглянуть в магазины. «Бросалось в глаза, что очереди за продовольственными и промышленными товарами из года в год росли, а полки магазинов пустели, — рассказывал он. — Слушал, читал, наблюдал, размышлял и пытался найти определение нынешнему состоянию общества, его все более усугублявшимся трудностям и в экономике, и в социальной сфере, и в межнациональных отношениях».
В институте Байбаков работал над проблемой нефтеотдачи пластов. Не мог смириться с тем, что при разработке месторождений из недр извлекается лишь 40 % геологических запасов. Занимали его также технологии использования газа в сжатом и сжиженном виде на всех видах транспорта, включая авиационный.
Истосковавшись за годы работы в Госплане по родной и любимой топливной отрасли, Байбаков теперь отводил душу. Как главный специалист в СССР по нефти и газу он был нарасхват и немало времени проводил в командировках. В 1990-х четырежды выезжал в регионы страны и дважды — за границу. Например, Миннефтегазпромом СССР был на неделю командирован в Норвегию по приглашению норвежской государственной компании «Статойл». Ознакомился там с разработкой нефтяных и газовых месторождений на Северном море. Посетил международную выставку в Штутгарте, где демонстрировались техника и технология нефте- и газодобычи. Добрался вертолетом до одного из морских месторождений нефти, расположенного в 130 километрах от норвежского побережья. Был поражен масштабами нефтегазодобычи: оказалось, «Статойл» получает в год более 40 миллионов тонн нефти из 92 миллионов тонн, добываемых в стране на шельфе Северного моря. Кончилось тем, что возглавлявший делегацию первый заместитель министра нефтяной и газовой промышленности СССР Б. А. Никитин пригласил президента «Статойл» с группой специалистов приехать в СССР и провести переговоры об их участии в освоении советских нефтяных месторождений.
Поездка в Норвегию воодушевила Байбакова. Он проникся надеждой, что на основе новой техники и технологии удастся добиться освоения советских шельфовых месторождений. По этому поводу он направил записку на имя председателя Совета министров СССР Н. И. Рыжкова. В ней речь шла об освоении Сахалинского шельфа — весьма перспективного нефтегазового района Дальнего Востока. Рыжков переадресовал записку в Министерство нефтяной и газовой промышленности. Предполагалось, что шельфовые проекты будут разрабатываться иностранными инвесторами и операторами в рамках соглашений о разделе продукции (СРП). Было заключено несколько таких соглашений, но к разработке месторождений на шельфе Сахалина так и не приступили.
Байбаков напряженно следил за развитием топливной отрасли. Оно внушало ему тревогу. Только за 1989–1991 годы добыча нефти снизилась более чем на 100 миллионов тонн, а в 1992 году ожидалось дальнейшее снижение еще примерно на 70 миллионов. Резко сократилась добыча угля. Прекратился рост добычи газа, и наметилась тенденция к ее снижению. Посоветовавшись с ветеранами нефтяной и газовой промышленности, он направил в конце 1991 года президенту СССР М. С. Горбачеву и президенту Российской Федерации Б. Н. Ельцину записку о тяжелом состоянии топливно-энергетического комплекса. Изложил в ней свои соображения. На этой записке М. С. Горбачев наложил резолюцию: «Тов. Силаеву И. С. Прошу обсудить записку Н. К. Байбакова». И. С. Силаев в ответ на эту резолюцию 4 октября 1991 года наложил свою: «1. Минэкономики, тт. Трошину, Троицкому. 2. ГК ТЭК, т. Маргулову. Прошу рассмотреть поставленные Н. Байбаковым вопросы, направленные на улучшение работы ТЭК, и принять необходимые решения».
Никаких решений принято не было. Кончилось коллективной отпиской перечисленных организаций: «Хотя вопросы, поднятые в записке Н. Байбакова, заслуживают внимания, беда в том, что по ряду таких вопросов принимались решения правительства, но они не выполняются». После этого Байбаков дважды побывал на приеме у министра топлива и энергетики РФ В. М. Лопухина. Однако и здесь ничего не добился.