Потерпев поражение под Сталинградом и, видимо, окончательно потеряв надежду захватить кавказскую нефть, Гитлер дал указание уничтожить нефтеперерабатывающие заводы Грозного. Десятки бомбардировщиков «фоккевульф» бомбили эти заводы, сбрасывая бомбы весом в 250 килограммов. Под эту бомбежку попал и Байбаков с начальником грозненского нефтекомбината Кочерговым. Они ехали на машине с промыслов в Грозный через территорию нефтеперерабатывающих заводов, когда над их головами показались самолеты с черной свастикой: «Мы выскочили из машины и укрылись в водосточной канаве. Только легли, как в тот же момент недалеко от нас грохнулась огромная бомба в траншею, где прятались 12 пожарников, мощным разрывом траншею вместе с людьми разнесло на части — ни один человек не уцелел, все погибли. Нас же сильно засыпало землей и щебнем, но ни одним осколком не задело. Нам повезло — мы не успели добежать до той траншеи».
В сентябре Байбаков вернулся в Москву, к делам в наркомате. После того как фашистами был захвачен Северный Кавказ, где располагался второй по значимости центр нефтедобычи, угроза нависла и над Баку. К тому же возникли проблемы по доставке нефтепродуктов на «Большую Землю». Поэтому было принято решение о строительстве «Второго Баку» в тех регионах, где также были обнаружены залежи нефти. С этой целью из Баку в район Куйбышева (ныне Самары) были направлены нефтяное оборудование и 5 000 бакинских нефтяников (еще 5 000 человек отправились в Поволжье, Туркмению, Казахстан и другие перспективные с точки зрения нефтедобычи места). Возглавил бакинский десант секретарь Бакинского горкома партии по нефтяной промышленности Яков Агарунов.
Как первый заместитель наркома Байбаков был назначен уполномоченным ГКО по перебазированию большого количества нефтяников и техники кавказских районов на Восток. Знаменитые бакинские мастера бурения, опытные инженеры и техники, мастера по добыче нефти и ремонту скважин — все они были мобилизованы. Люди, непривычные к северному климату, снимались с родных мест, не имея порой зимней одежды. На дорогах они мерзли, болели и иногда умирали. В течение трех месяцев почти десять тысяч бакинских нефтяников, большинство с семьями, организованно выехали в восточные районы страны. Нефтяники Ишимбаевского (Башкирия) промысла зимой 1943-го писали в Кремль Сталину: «Мы знаем, что значит нефть на войне. Пусть мы далеки от боев, но мы тоже армия и дадим стране нефти, сколько потребуется для победы. Каждая тонна нефти — это наш залп по Гитлеру!»
Одновременно с эвакуацией нефтяников из Баку «эвакуировали» и нефтепродукты. О ходе этой операции Байбаков докладывал руководству страны.
В конце 1942 года, впервые с начала войны, большая группа нефтяников была награждена орденами и медалями. Байбаков получил орден Ленина.
Нефтедобыча будет прирастать Сибирью
Несмотря на войну, поглощавшую все ресурсы экономики, Сталин требовал, чтобы поиски нефтеносных территорий продолжались. Была поставлена задача: вести разведочные работы в Сибири. Пусть в небольшом объеме, но вести. Байбаков издал приказ: