В начале 1945 года И. В. Курчатов написал Берии и прямую жалобу на Молотова, выражая недовольство некомпетентностью последнего и нераспорядительностью в осуществлении общего руководства советским атомным проектом.
Байбаков был убежден, что только в 1945 году, с приходом Берии к руководству атомным проектом, дело получило тот «русский размах», с каким призывал вести его Сталин: «Берия был мастер не только нажимать, торопить и подстегивать людей, но и обеспечивать успех дела. Оперативнее, чем он, едва ли какой другой организатор смог бы снабжать ученых всем необходимым, доставать требуемое из-под земли — в прямом и переносном смысле. Он умел быть внимательным к мнению ученых, вплоть до веротерпимости. Так, когда Л. В. Альтшулера — как неблагонадежного из соображений его приверженности генетике — служба безопасности решила отстранить от работы на атомном объекте, академик Ю. Б. Харитон позвонил лично Берии и сказал, что это нужный и ценный работник. “Он вам очень нужен?” — спросил Берия. “Да, очень”, — был ответ. И Берия спокойно подвел итог: “Ну, ладно…” Не раз, когда после аварий или каких-либо неувязок на объекте службой безопасности учинялось следствие (не диверсия ли тут?), Берия внимал заступническим доводам И. В. Курчатова, “виновные” освобождались от подозрения».
Байбаков ставил Берии в заслугу и предельный режим секретности работ по атомному проекту. А именно то, что при «железном занавесе», да еще за множеством стен и рядов колючей проволоки, работы были абсолютно недоступны ни для одной иностранной разведки. И когда 29 августа 1949 года грянул взрыв первой советской атомной бомбы, для американцев это оказалось ошеломляющей неожиданностью. Быстро иссякли воинственные амбиции Трумэна, прекратился атомный шантаж.
Не впадая в другую крайность, Байбаков, однако, помнил, что, при всех своих организаторских способностях, Берия оставался человеком жестоким и властолюбивым, переоценивающим собственные силы, нетерпимым к заслугам соперников. Но это, считал Байбаков, была уже другая борьба — борьба за сталинское властное наследство.
В ряду бериевских злодейств, ничем не оправданных, Байбаков числил расправу над председателем Госплана СССР Н. А. Вознесенским.