Энергия, инициатива, решительность и находчивость нового наркома были высоко оценены: Шахурин и два его заместителя стали Героями Социалистического Труда.
А потом война кончилась — и нарком, чья отрасль в последний полный военный год дала фронту более 40 тысяч самолетов, оказался больше не нужен. По надуманному обвинению за «злоупотребление и превышение власти при особо отягчающих обстоятельствах» Шахурин был арестован. Как свидетельствуют материалы по делу бывшего начальника Главного управления контрразведки, а затем заместителя министра внутренних дел В. С. Абакумова, абакумовские сотрудники «в течение трех недель допрашивали Шахурина непрерывно днем и ночью», а сам Абакумов заявлял обвиняемому — «признается он или не признается в тягчайших преступлениях, все равно он, Абакумов, его расстреляет». Нарком стойко перенес мучения, никого не оговорил, не потянул за собой… В мае 1946 года Военная коллегия Верховного суда приговорила Шахурина к 7 годам тюремного заключения. Одновременно по тому же делу были осуждены главком ВВС главный маршал авиации А. А. Новиков и еще несколько высших руководителей военно-воздушных сил и отделов ЦК ВКП(б).
На свободу Шахурин вышел в 1953 году больным человеком (в одиночке следственной тюрьмы, лишенный даже прогулок, он перенес тяжелый инфаркт). Тем не менее сразу вернулся к работе, получив назначение на должность первого заместителя министра авиационной промышленности. Проработал на ней недолго, вскоре перейдя в Государственный комитет Совета министров СССР по внешним экономическим связям на должность заместителя председателя. Занимался вопросами сотрудничества стран СЭВ в области оборонной промышленности. Подорванное в заключении здоровье заставило его в 1959 году уйти на пенсию.
Не избежал послевоенной расправы (хотя и не столь свирепой) и еще один руководитель отрасли — Иван Владимирович Ковалев. До войны он был заместителем начальника Южно-Уральской железной дороги, а затем начальником Западной железной дороги. Потом последовательно занимал должности начальника военного отдела НКПС, начальника Управления дорог северо-западного направления НКПС.
«И вот в самом начале 1939 года мне вдруг предложили перейти на работу в Наркомат путей сообщений СССР, — вспоминал Ковалев. — Я попросил оставить меня в прежней должности, поскольку только-только вошел в курс дел такого сложного и интересного хозяйственного организма, как Западная железная дорога. Нарком путей сообщения Каганович вроде бы внял моим доводам. Однако в апреле того же года он позвонил из Москвы и спросил, кто мог бы меня заменить, если мне придется отлучиться на некоторое время. Я назвал моего заместителя Виктора Антоновича Гарныка.
— Я его знаю, — сказал Каганович. — Он был начальником депо в Туле. Толковый товарищ. Приезжайте вместе в Москву.
Мы прибыли, и нарком без лишних слов вручил каждому из нас копии решения Политбюро ЦК ВКП(б) о наших новых назначениях. Меня назначили членом Коллегии и начальником Военного отдела НКПС, а Гарныка — начальником Западной железной дороги. Л. М. Каганович поздравил нас и дал указание немедленно приступить к работе. Я четыре года не был в отпуске, но понял, что заикаться об этом нельзя — не время. Каганович и сам ежегодно не уходил в отпуск, и никого из руководящих деятелей Наркомата на отдых не отпускал. Такова была традиция. И лично для меня она затянулась на 14 лет».
На военный отдел наркомата возлагалась подготовка железнодорожного транспорта к возможной войне. По данным, которые Ковалеву собрали в военном отделе НКПС, приграничные железнодорожные станции насчитывали около 1 600 выгрузочных путей с высокими платформами, что позволяло пропускать через выгрузочные районы до 860 пар поездов в сутки. Это, в свою очередь, обеспечивало развертывание первого стратегического эшелона войск Красной армии за 20–25 суток.