Отряд крестоносцев вновь отправился в храм. И тут произошло главное. По Корнеру: «Отъезд был приостановлен, они поспешно вернулись в Церковь и, воодушевленные, стали разбивать покрытие пола, пока не достигли другого подземного этажа. Удалив некоторые большие камни, которые поддерживали верхний пол, они обнаружили большую массу очень твердого стекла, которое почти невозможно было разбить на куски. А затем, внутри, они нашли еще одну, небольшую твердую оболочку».
Последовательность действий неугомонных венецианцев была такова: для начала они разбили пол алтаря в том сокровенном месте, где когда-то, как они догадались, святитель Николай служил Литургию. И сразу же обнаружили другой слой (как бы сказали современные археологи — новый слой). А в нем — залитую крепкой «бетонной» и в то же время «стеклянной» смесью хранительницу в виде ларца, в которой как раз и лежали мощи святителя. На реликварии была греческая надпись: «здесь почивает великий епископ Николай, славный своими чудесами на земле и на море». Позднее среди останков внутри был обнаружен камень с нацарапанным также греческим текстом: «мироточивые мощи святого смиренного Николая».
Вызывает удивление «стеклянный» саркофаг в Мирах, сделанный так, что его невозможно было разрушить сразу. Похоже на передовые технологии того времени, так и оставшиеся в секрете. Но есть предположения, что это была окаменевшая манна или даже миро, которое продолжало выделяться в малых количествах после нашествия барийцев, и жидкость просто застыла в такой удивительной форме-субстанции.
Венецианцы, открыв этот высокопрочный реликварий, увидели внутри не крупные части скелета, а горку раздробленных костей и мелких частиц. По другой версии, они стали выламывать оставшиеся кости святителя из твердой массы, поэтому мощи дробились на небольшие фрагменты. Собрав эти мощи, они отправили их на корабль.
Надо сказать, что отнеслись новые хозяева к останкам весьма благоговейно. Даже соорудили временную походную церковь во имя святителя Николая. Как говорили, служба в храме сем не прекращалась все время, пока они не вернулись домой.
А до Венеции было еще далеко. Надо было сначала добраться до Святой Земли, Палестины и Иерусалима. Но даже Крестовый поход уже не так интересовал его участников. Им надо было как можно скорее вернуться с мощами в свой родной город.
Наконец это произошло. Случилось сие событие 6 декабря 1100 года (иногда пишут 1101 года), весьма промыслительно, ибо дата связана с предполагаемым днем рождения Чудотворца.
Новость облетела город заранее. Вся Венеция вышла встречать у берега корабли, в одном из которых приплыла к ним святыня. Говорили первоначально, что мощи хотели поместить в собор Святого Марка, который еще до этого предлагали переименовать, включив в название имя Святого Николая. Во всяком случае, прошло время, пока их решили поместить в храм Святителя Николая
Напомним, что вместе с мощами святителя Николая прибыли в Венецию святые останки и двух других епископов. Мощи трех святых и ныне покоятся в одной раке, но в разных деревянных отделениях. «Аноним», рассказавший нам о событиях переноса части мощей из Мир Ликийских в Венецию, свидетельствовал о многочисленных чудесах, которые происходили рядом с этими мощами. Автор пел в это время в церковном хоре бенедиктинской обители и видел всё собственными глазами. С другой стороны, понятно, что для него было важным доказать, что чудеса могли происходить потому, что это были настоящие мощи святителя Николая.
Автор книги «Признание мощей святителя Николая», исследователь Л. Г. Палуде (Ricognizione delle Reliquie di S. Nicolo. Vicenza, 1992), пишет: «В Венеции, как и в Бари, велась оживленная дискуссия о наиболее достойном месте для хранения реликвий: в Марцианской базилике, затем склонялись к тому, чтобы построить церковь возле площади Святого Марка или предпочесть место патриарха-епископа, то есть — Святого Пьетро ди Кастелло. Наконец, мнение аббата Святого Николая дель Лидо стало преобладающим, указывая на церковь, уже построенную венецианцами в честь того же святого. Чтобы избежать неожиданностей от набегов или грабежей, временно мощи были размещены в центре хора и была построена «очень сильная и очень хорошо сконструированная» башня с вооруженной охраной. Пока не возвели новый, более достойный храм!»