Государь не разделял опасений императрицы относительно намерений великого князя. Он его уважал и целиком (и вполне оправданно) доверял ему. Во время посещения Ставки Палеологом посол однажды вздумал в присутствии главнокомандующего обсуждать решения императора. Великий князь осадил француза, заявив, что никогда не обсуждает решения Его Величества, если тот не соизволит обратиться к нему за советом. Когда среди некоторых чинов армии поползли слухи, распространяемые неприятельскими агентами, что незачем, дескать, русским воевать с Германией, «в приказе по армии он [Николай Николаевич] объявляет низким преступлением этот предательский прием врага и заканчивает так: „Всякий верноподданный знает, что в России все, от главнокомандующего до простого солдата, повинуются священной и августейшей воле помазанника Божия, нашего высокочтимого императора, который один обладает властью начинать и оканчивать войну“».
Николай II всячески пытался сгладить отношения между Александрой Федоровной и великим князем. Он возражал супруге: «Голубка моя, я не согласен с тобой, что Н. должен остаться здесь на время моей поездки в Галицию. Напротив, именно потому, что в военное время я отправляюсь в завоеванную провинцию, главнокомандующий должен сопровождать меня. Он едет со мной, а не я с ним».
По мере того как отступление русских войск продолжалось, государь все больше укреплялся в мысли принять на себя верховное командование. Видя нависшую над армией и державой опасность, император чувствовал себя обязанным объединить гражданскую и военную власть и возложить на себя всю ответственность за судьбы России. На заседании Совета министров, во время которого великий князь Николай Николаевич подвергся ожесточенным нападкам за его методы руководства военными действиями, премьер-министр Горемыкин предостерег коллег: «Я считаю своим долгом вновь напомнить членам Совета быть чрезвычайно осмотрительными, говоря с императором относительно Ставки и великого князя. Недовольство великим князем в Царском Селе приобрело такой характер, какой может привести к серьезным последствиям. Боюсь, ваши упреки могут послужить поводом к значительным осложнениям».
5 августа пала Варшава. А. А. Вырубова вспоминала: «Я помню вечер, когда императрица и я сидели на балконе в Царском Селе. Пришел государь с известием о падении Варшавы; на нем, как говорится, лица не было; он почти потерял свое всегдашнее самообладание. „Так не может продолжаться, – воскликнул он, ударив кулаком по столу, – я не могу все сидеть здесь и наблюдать за тем, как разгромляют армию; я вижу ошибки – и должен молчать!“»
Три недели спустя государь и императрица совершили автомобильную поездку в Петроград. Сначала отправились в Петропавловскую крепость и в соборе на коленях молились у царских гробниц. Оттуда поехали в Казанский собор и несколько часов молились, коленопреклоненные, у чудотворной иконы Казанской Божией Матери, прося помощи и наставления. Вечером того же дня члены Совета министров были вызваны в Александровский дворец. В тот вечер император обедал в обществе государыни и Анны Вырубовой. Фрейлина вспоминала: «Я обедала у Их Величеств до заседания, которое назначено было на вечер. За обедом государь волновался… Уходя, он сказал мне: „Ну, молитесь за меня!“ Помню, я сняла образок и дала ему в руки. Время шло. Императрица волновалась за государя… Накинув шаль, она позвала детей и меня на балкон, идущий вдоль дворца. Через кружевные шторы в ярко освещенной угловой гостиной были видны фигуры заседающих; один из министров, стоя, говорил».