Однако сделать этого не удалось, поскольку дела у большевиков пошли хуже, что по иронии судьбы роковым образом сказалось на участи императора и его семьи. Гражданская война и интервенция иностранных государств ослабили и без того непрочную власть большевиков. В Мурманске высадились американские морские пехотинцы и британские солдаты. На юге создавали белую Добровольческую армию генералы Алексеев, Корнилов и Деникин, опиравшиеся на поддержку донского казачества. В Сибири продвигался на Запад чешский легион численностью в 45 000 штыков. Захватив Омск, чехи быстро приближались к Тюмени и Екатеринбургу. Чешский легион был сформирован из бывших военнопленных австро-венгерской армии. Они были реорганизованы и снаряжены Временным правительством для участия в боях на стороне русских с целью освобождения своей родины. После заключения Брестского мира Троцкий разрешил им уехать к себе домой через Сибирь, Владивосток и далее морским путем во Францию, чтобы сражаться на стороне союзников. Вереница воинских эшелонов уже двигалась по Великому Сибирскому пути на восток. Но тут вмешался германский Генеральный штаб. Немцы решительно потребовали от большевиков задержать составы и разоружить чехов. Большевистские власти попытались это сделать, но чехи оружие сдать отказались. К представлявшим грозную силу в этом неспокойном регионе чехам присоединились выступившие против власти большевиков русские офицеры и солдаты. Именно эта угроза заставила московские власти отказаться от показательного процесса и изменить свои намерения относительно царя и его семьи.
Вернувшись 12 июля из Москвы, Шая Голощекин доложил Уральскому совету, что центр предоставляет местным властям право самим решать судьбу Романовых. Военное руководство большевиков желало выяснить, долго ли сможет Екатеринбург удерживать натиск белых войск. Голощекин сообщил, что чехи подошли к городу с юга и дня через три Екатеринбург может пасть. Узнав об этом, Уральский совдеп решил как можно скорей расстрелять всю семью и уничтожить все следы преступной акции.
Приказ этот был отдан Юровскому 13 июля, и тотчас началась подготовка злодеяния. В течение трех дней Юровский с Ермаковым верхом осматривали окружающие город леса в поисках места, где можно спрятать останки жертв. Верстах в двадцати от Екатеринбурга, у деревни Коптяки, они нашли заброшенный рудник. Рядом с ним находились четыре сосны, отчего местные жители назвали этот участок урочищем Четырех Братьев. Одновременно Войков, тоже член Уральского совдепа, распорядился о приобретении 300 литров бензина и 175 килограммов серной кислоты.
Узники сразу поняли, с кем имеют дело. В отличие от пьяницы и грубияна Авдеева, Юровский не называл государя «кровавым» и внешне не проявлял враждебности к пленникам. Это был профессионал, которому поручили выполнить очередное «задание». Две женщины, пришедшие в Ипатьевский дом, увидели сидевшего там Юровского, который расспрашивал цесаревича о здоровье. А утром того же дня главный палач побывал в урочище Четырех Братьев, где проверял, как ведутся «работы».
Насколько изменилось настроение царственных узников за несколько последних дней, заметил екатеринбургский священник, отец Сторожев, которому в конце мая разрешили отслужить литургию в «доме особого назначения». Во время первого своего посещения священник обратил внимание на то, что, хотя «императрица выглядела утомленной и болезненной, государь и великие княжны имели вид бодрый и даже веселый. Алексея, который не мог ходить, принесли и положили на походную кровать в комнату, где происходило богослужение». Он был весел, и когда священник подошел к нему с крестом, мальчик посмотрел на священнослужителя живыми и ясными глазами. «В воскресенье, 14 июля, – отмечает Жильяр, – Юровский велел пригласить священника о. Сторожева и разрешил ему совершить богослужение на дому». На этот раз все члены царской семьи были чрезвычайно озабочены и подавлены. «По чину обедницы, – вспоминает отец Сторожев, служивший, по просьбе Их Величеств, обедницу 1 (14) июля, – положено прочесть молитву „Со святыми упокой“.
Почему-то дьякон запел эту молитву, стал петь и я, но едва мы запели, как я услышал, что стоявшие позади меня члены семьи Романовых опустились на колена… Алексей Николаевич сидел в кресле-каталке, одетый в куртку с матросским воротником. Татьяна Николаевна подкатила его кресло, когда после богослужения они прикладывались к Кресту». Уже на улице дьякон сказал, обращаясь к священнику: «Знаете, отец протоиерей, у них там что-то случилось».