Исследователь по истории русской жандармерии Б. Л. Колоколов пишет: «Джунковский фактически вывел из-под контроля органов империи учащуюся молодежь и рядовой состав армии, почти полностью состоявший из крестьян и рабочих, тем самым предоставив революционерам всех мастей — в особенности социал-демократам и эсерам — прекрасную возможность для практически безнаказанной революционной агитации в их среде. Вследствие этого в течение последующих четырех лет произошло то, что неминуемо и должно было произойти: революционная агитация и пропаганда разложили царскую армию, превратив ее из оплота самодержавия в генератор антимонархической революции, вылившейся в военный мятеж запасных полков Петроградского гарнизона в феврале 1917 года»[104].
Отставка Джунковского не была простым оставлением службы. Это была царская опала. В своём письме к императору Николаю II Джунковский писал: «Ваше Императорское Величество! С сердечной болью прочёл я вчера предъявленный мне Управлением Министерства внутренних дел суровый приговор Вашего Величества. Тяжело, конечно, самый факт отчисления от ответственных должностей в такое серьёзное время, переживаемое Россией, но ещё тягостней полная неизвестность своей вины, невозможность ничего сказать в своё оправдание, невозможность узнать, какой проступок с моей стороны нарушил внезапно то доверие, которым я всю свою долголетнюю службу пользовался со стороны Вашего Величества, которым я так гордился, которое так облегчало тяжёлые минуты, которые мне приходилось переживать по роду своей службы»[105].
В чём же была причина опальной отставки Джунковского? Сам Джунковский, а вслед за ним и легковерные историки, объясняют причину этой отставки попыткой Джунковского в августе 1915 года открыть царю «правду» на «похождения» Распутина в ресторане «Яр».
Однако начальник Московского охранного отделения полковник А. П. Мартынов писал в своих воспоминаниях: «В 1915 году Джунковский «поскользнулся» на одной «апельсинной корке», ловко прикрыв ее для публики своим «антираспутинством», и отправился на фронт, получив бригаду»[106].
Что же это была за «апельсиновая корка», на которой так неудачно «поскользнулся» генерал Джунковский? Генерал А. И. Спиридович объясняет дело так: «Мне же лично кажется, что истинная причина увольнения генерала кроется еще и в другом. От генерала Джунковского Государь никогда не слышал доклада, предостережения о том, что готовится заговор. Не считал ли Государь это молчание странным, если не подозрительным со стороны того, кто по должности должен был бы первым знать о том и доложить Его Величеству?»[107]
Отставка Джунковского произошла на пике попытки «Прогрессивного блока» и Ставки великого князя предпринять мощный натиск на Государя с целью введения ответственного министерства. Как стало известно Николаю II, Джунковский знал о существовании заговора, но умолчал об этом в своём докладе Царю. Известно также, что Джунковский находился в переписке с Гучковым. От Гучкова генерал получил тогда письмо, в котором тот, выражая свое сочувствие, прозрачно намекнул, что когда придет момент, новая Россия не забудет заслуг генерала[108].