Художнику за долгую творческую жизнь посчастливилось и создавать оформление церквей, и самому писать иконы. Весьма многочисленны его работы, посвященные церковной архитектуре, как существовавшей при его жизни, так и задуманной им в проектах. Так, к числу известных работ Н.К. Рериха для Русской православной церкви относятся: проект оформления церкви Покрова Богородицы в имении Голубевых в селе Пархомовка под Киевом (1906, архитектор В.А. Покровский), эскизы мозаик для церкви во имя Святых апостолов Петра и Павла на Шлиссербургских пороховых заводах (архитектор В.А. Покровский), оформление Троицкого собора Почаевской лавры (1910), эскизы для росписи часовни Св. Анастасии у Ольгинского моста в Пскове (1913), 12 панно для молельной виллы семьи Лившиц в Ницце (1914), оформление росписями и мозаикой церкви Св. Духа в смоленском селе Талашкино (1914). Для храма Казанской иконы Божией Матери — фамильной церкви Каменских в женском монастыре — Перми в 1907 году художник создает 13 икон одноярусного иконостаса в духе ранних храмов Византии и Древней Руси. Сергей Эрнст, оценивая эту масштабную работу, писал: "Иконное письмо это, выдержанное в коричневых, зеленых и красноватых тонах, построено по строгим и древним канонам; превосходное решение их показало, что мастером уже пройден искус великого и сложного художества древней иконописи и что перед ним уже открыты просторы собственного иконного строительства".
В 1929 году в Нью-Йорке в музее его имени Николай Константинович создает комнату-молельню Преподобного Сергия Радонежского, великого русского святого, которого художник почитал как своего небесного покровителя. В этой молельне, благодаря пожертвованиям сотрудников музея, среди прочих икон хранилась одна старинная икона — образ Радонежского Чудотворца конца XVII века. По проекту Н.К. Рериха и частично на его средства в 1930 году в русской деревне Чураевка в Америке, что неподалеку от Нью-Йорка, строится часовня во имя святого Сергия. На возведение часовни, которая существует и поныне, было получено благословение трех митрополитов: Всеамериканского — Платона, Западноевропейского — Евлогия и Дальневосточного — Мефодия. На ее освящение в апреле 1934 года Н.К. Рерих пишет слово "Святой Сергий — Строитель Русской Духовной Культуры". Затем, уже в китайском Харбине, в 1934 году создаются эскизы для неосуществленной постройки часовни и звонницы в Бариме, Маньчжурия. Был и еще целый ряд проектов Н.К. Рериха, посвященных Преподобному Сергию: "Случайно ли, что на всех путях сужденных вырастают священные знамена Преподобного? Дивно и чудно видеть, как даже в наше смятенное, отягощенное мраком время всюду возносятся светочи храмов и часовен во Имя Преподобного".
В 1913 году мозаика Н.К. Рериха украсила памятник А.И. Куинджи в некрополе Александро-Невской лавры: "Мозаика всегда была одним из любимых моих материалов. Нив чем не выразить монументальность так твердо, как в мозаичных наборах… Мозаика стоит как осколок вечности. В конце концов и вся наша жизнь является своего рода мозаикой… Каждый живописец должен хотя бы немного приобщиться к мозаичному делу. Оно даст ему не поверхностную декоративность, но заставит подумать о сосредоточенном подборе целого хора тонов…. Обобщить и в то же время сохранить все огненные краски камня будет задачей мозаичиста. Но ведь и в жизни каждое обобщение состоит из сочетания отдельных ударов красок, теней и светов".