После освобождения Москвы от польских войск типографию восстановили сначала в Кремле, в дворцовой набережной палате, а на старом месте, на Никольской улице, в это время производился ремонт старых и строительство новых помещений. Сюда Печатный двор переезжает в 1620 г. Он интенсивно работал на протяжении XVII в. и первой половины XVIII в., превратившись в большое предприятие с несколькими типографскими станами и наемными рабочими. На Московском Печатном дворе работали известные типографщики Андроник и Иван Невежи, Анисим Радишевский и Аникита Фофанов, были выпущены «Азбуки», пользовавшиеся большим спросом, популярные учебники «Грамматика» Смотрицкого и «Арифметика» Магницкого, «Уложение», «Букварь», «Таблицы логарифмов». Тут же печаталась первая русская газета «Ведомости». Благодаря исследованиям И.В. Поздеевой с сотрудниками, выяснившими репертуар выпускаемых книг, а также тиражи, цены и методы торговли, было доказано, что Московский Печатный двор стал общенациональным культурным явлением. Оказалось, что книги приобретались совсем не только духовенством и знатью (знаменитый князь Дмитрий Пожарский был усердным посетителем книжной лавки Печатного двора), а пользовались спросом и у купцов, и чиновников, и стрельцов, и мастеровых, и других слоев населения.
Самое старое здание Печатного двора находится во дворе Историко-архивного института (еще недавно туда можно было пройти и посмотреть на это живописное строение). Благодаря исследованиям известного археолога А.Г. Векслера обнаружено, что подземный ярус сложен из кирпича, характерного для конца XV – начала XVI столетия, и что найденные терракотовые плитки тождественны плиткам кремлевской Ризположенской церкви, датируемой 1484–1486 гг., а по конструктивным особенностям можно уверенно утверждать, что он был сооружен ранее Китайгородской стены, то есть раньше 1535–1538 гг. Следовательно, его подземный этаж относится к древнейшим гражданским сооружениям Москвы. В 1679 г. артель каменщиков Степана Дмитриева и Ивана Артемьева на старом основании построила новое здание, где находилась корректорская, или, как называли ее в старину, «правильная палата». В 1872–1875 гг. трудами историка В.Е. Румянцева здание отреставрировали, верх его очень удачно перестроен в русском стиле XVII столетия архитектором Н.А. Артлебеном (он же искусно декорировал фасады зданий, выходящих на Театральную площадь). Интерьеры расписаны также в древнем стиле палехскими живописцами. В 1875 г. «Теремок» посетил император Александр II.
Здание «Теремка», несмотря на превратности судьбы, сохранилось. Такой, казалось бы, ревнитель русской старины, как историк и собиратель М.П. Погодин, выступил в городской думе с предложением сломать здания типографии и вместо них построить торговые помещения, которые могли бы дать городу доход, но этому удалось помешать: «Это значило бы оказать неуважение к древности, оскорбительное для памяти иерархов, трудившихся над исправлением книг и над духовным просвещением России вообще». В конце 1920-х – начале 1930-х гг. прошлого столетия в этом здании помещался музей типографского дела, и очень жаль, что он сейчас не существует.
В XVII в., кроме этого каменного строения, на Печатном дворе находилось множество деревянных строений, занятых словолитней, переплетной, разными мастерскими, кузницей и прочими.
Известно, что после пожара 1626 г. Печатный двор был огорожен деревянным забором с воротами на Никольскую улицу, богато украшенными резьбой и ярко раскрашенными резчиками и знаменщиками двора. В 1642 г. по повелению царя Михаила Федоровича на Печатном дворе начали строить большие каменные палаты; стройкой распоряжался каменных дел подмастерье Трефил Шарутин (он известен как зодчий Теремного дворца в Кремле), а в 1644 г. «почали ворота каменные делать». В архивном документе сообщается, что тогда выдали деньги «подмастерью Ивану Неверову», и также, что «у того дела был немчин Христофор», – это был тот самый Кристофер Галлоуей, строивший башню Фроловских (Спасских) ворот Кремля. Над воротами возвели стройную шатровую башню высотой 13 саженей (более 26 м), а по обе стороны от входа в ней поместили книжные лавки.