В советское время Никольский монастырь, конечно, был закрыт, в его помещениях процветал «союз воинствующих материалистов» во главе с Бухариным. В 1935 г. единственный монастырский собор разрушили.
В XVIII столетии Никольский монастырь оказался связанным с семьей Кантемир. Молдавский господарь князь Дмитрий Кантемир заключил в 1711 г. с Петром I договор о союзе против Турции и переходе Молдавии в состав России. Но война с Турцией кончилась провалом и чуть ли не пленением самого Петра. Дмитрий Кантемир вместе с 4 тысячами молдаван прибыл в Россию, где им были даны земельные владения. Сам князь получил большие поместья на Украине, а в Москве ему приготовили двор с каменными палатами, принадлежавший купцу Шустову и находившийся у Варварских ворот Китай-города. Князь Кантемир прибыл в феврале 1712 г., но двор Шустова почему-то не подошел для него, и князю выдали из казны 6 тысяч рублей, на которые он в 1721 г. выстроил в Петербурге дворец на набережной Невы. Где именно жил он в Москве между 1712 и 1721 гг., точно неизвестно, но в литературе встречаются утверждения, что рядом с монастырем находился участок (на месте дома № 13), якобы пожалованный Петром I князю Дмитрию Кантемиру, хотя и неизвестны какие-либо документы, подтверждающие такое пожалование. Возможно, это предположение возникло потому, что Кантемиры благотворили Никологреческому монастырю, строили там храм, в котором был похоронен глава семьи князь Дмитрий, его жена Кассандра, сын – известный поэт и дипломат Антиох – и другие члены семьи.
Надо отметить, что Никольский монастырь как-то был связан и с грузинами: в 1669 г. в нем состоялось погребение грузинского митрополита Епифания, которого отпевал сам патриарх, в нем же была похоронена царица Екатерина Георгиевна, а также грузинские князья Давыдовы.
В советское время перед разрушением собора Николо-греческого монастыря представители румынского посольства настояли на передаче им праха князя Дмитрия Кантемира, и коммунисты приняли решение согласиться. Инициатором передачи выступил Йон Дическу, румын, член партии большевиков, живший и репрессированный в СССР. По словам его сына, он, «проходя по Никольской улице, увидел, что рабочие ломают цоколь какой-то церковки. Тут он вспомнил, что Дмитрий и Антиох Кантемиры были захоронены где-то в центре Москвы в греческой церкви. Не здесь ли?
Отец поднялся на паперть. Греческий священник был с ним сух, говаривать не желал. Но когда отец стал выходить из церкви, тот окликнул его по-румынски:
– А вас очень интересуют Кантемиры?
– Очень!
И они разговорились. Священник даже притащил вина. А потом, взяв топор, стал поднимать какие-то доски, устилающие плиты в церкви, и вскоре под ними отец прочитал: „Дмитрий Кантемир“ и „Антиох Кантемир“.
В тот же вечер отец сел за пишущую машинку. В своем письме в Народный комиссариат иностранных дел он на усмотрение Советского правительства выдвинул предложение – передать прах Кантемиров в Румынию для погребения. Эта передача станет великим дружеским жестом в тот момент, когда между нашими странами установились нормальные дипломатические отношения.
На следующий день после отправки письма в Наркомат греческую церковь ломать перестали. Группа археологов в присутствии представителей румынского посольства – сам отец, как он рассказывал, „не имел права с ними общаться и поэтому стоял в стороне“ – подняла чугунные плиты».
По воспоминаниям участника эксгумации, сотрудницы Исторического музея, «скелет Д. Кантемира сохранился хорошо, но череп истлел, однако его остатки, безусловно, были тут же. Хорошо сохранились сафьяновые с загнутыми носками сапоги. Некогда красные, они побурели. На Д. Кантемире были кафтан с галунами и матерчатый пояс. Для полной уверенности в том, что извлеченные останки принадлежат именно Дмитрию Кантемиру, мы осмотрели соседнее погребение его сына Антиоха Кантемира. Костяк оказался сильно разрушенным. Череп же и одежда сохранились великолепно. Запомнились туфли на каблуках с обрезанными носами, по-видимому, светлые, с огромными атласными белыми бантами и пряжками. Камзол голубого цвета с роскошным серебряным шитьем, с серебряными же пуговицами. В деревянном гробу на специальном листе останки Д. Кантемира в течение некоторого времени лежали в одном из залов Государственного исторического музея». Как было рассказано в журнале «Москва», «прах Д. Кантемира в оцинкованном гробу был перевезен в Одессу, а затем морем в Констанцу. Над дорогами Румынии во время движения процессии звенели колокола. По ночам в руках у крестьян, встречавших прах мудрого Кантемира, горели факелы… патриарх Румынии во всем своем торжественном облачении сопровождает процессию».
Остальные захоронения в Никольском монастыре, и в их числе дипломата и знаменитого поэта Антиоха Кантемира, были уничтожены коммунистами вместе с собором.
Теперь на месте собора небольшой и захламленный дворик, окруженный бывшими монастырскими постройками, занятыми какими-то мелкими учреждениями.