Именно в этом монастыре митрополит Филипп I спасался от одного из многочисленных московских пожаров – в 1473 г. загорелось внутри Кремля: «Погоре много дворов, и митрополичь двор згорел… такоже и граднаа кровля, и приправа вся городнаа, и что было колико дворов близ того по житничной двор городной выгорело». Митрополит «от пожара того вышел бе из града в монастырь святаго Николы Старого». Когда великий князь Василий III задумал освободиться от жены Соломонии под предлогом ее бесплодия, то он велел ее постричь в монахини, что происходило в Рождественском монастыре под руководством игумена Никольского монастыря в декабре 1525 г.
Никольский монастырь упоминается на одной из самых трагических страниц истории русской церкви: противостоянии митрополита Филиппа II Колычева и царя Ивана IV. Митрополит отказался одобрить злодеяния царя, он не примирился с ними и открыто, не боясь мести, обличал их с амвона. Как писал иноземец, состоявший на русской службе, «хвала и честь ему перед всеми за то, что он, бесстрашная, храбрая душа, во всем держал сторону справедливости, не жалея своей собственной жизни». Первое открытое столкновение произошло в кремлевском Успенском соборе, когда митрополит обратился к царю с увещанием остановить беззакония и кровопролитие: «Учал митрополит Филип с государем на Москве враждовати о опришнине». Неустрашимый митрополит произнес: «До каких пор будешь ты проливать без вины кровь верных людей и христиан… Татары и язычники и весь свет может сказать, что у всех народов есть законы и право, только в России их нет…» (как злободневно, а ведь это было сказано в XVI столетии!).
Царь в ответ потребовал молчания: «Доселе я излишно щадил вас, мятежников: отныне буду, каковым меня нарицаете!» Митрополит Филипп в тот же день демонстративно «вышел из двора митрополича и жил в монастыре у Николы Старого». И в дальнейшем митрополит не молчал, но по наущению царя собор послушных церковных иерархов по ложному обвинению низложил его. Филипп же ответил на несправедливые обвинения так: «Лучше умереть невинным мучеником, нежели в сане Митрополита безмолвно терпеть ужасы и беззакония сего несчастного времени». Во время богослужения Филиппа в Успенский собор ворвались опричники, схватили его, сорвали священнические облачения и отвезли в Никольский монастырь, а оттуда в Тверской Отроч монастырь, где он встретил смерть от рук Малюты Скуратова, задушившего Филиппа.
В Никольском монастыре под покровительством патриарха работала мастерская выдающегося писца Михаила Медоварцева, выполнявшая заказы самого великого князя, а также его приближенных и высших церковных иерархов. Он трудился в монастыре около 30 лет – с конца XV в. до 1531 г. Сам же Михаил Медоварцев находился в центре общественно-политической жизни, был знаком со многими выдающимися деятелями своего времени.
Этот монастырь был в продолжение многих сотен лет центром греческой колонии в Москве, особенно расцветшей в XVII в. – один из иноземных путешественников считал, что она сравнима с большим поселением греков в Риме.
Именно Никольский монастырь был выбран для помещения монахов из Греции, из афонского Иверского монастыря: в 7161 г. (то есть в 1652–1653 гг.) «по благословенью Никона патриарха, а по челобитью Афонские горы Иверского монастыря архимандрита Клима с причетники для приезжих греческих властей и старцев и гречан дан для отправления божественныя службы греческим языком… Николаевской монастырь…». Их обеспечили денежным жалованьем, а кроме этого, еще выдавали «попом же и дьяконом и старцом по 2 кружки пива, по кружке меду; понамарю и слушкам по кружке меду, по кружке пива человеку на день». В Москву греки часто приезжали за милостыней и вспомоществованием – как язвительно выразился патриарх Никон, обращаясь к восточным патриархам, приехавшим в Москву, «вы, бродяги, турецкие невольники, шатаетесь всюду за милостыней».
В 1666 г. в Москву привезли копию с Иверской иконы и поставили в монастырскую часовню. Из монастыря икону перенесли в 1669 г. в нарочно тогда устроенную часовню у Воскресенских ворот. Тогда же монастырю дали «жаловалную» грамоту, в которой подтверждалась принадлежность ее Иверскому Афонскому монастырю: «Дан им в Иверской монастырь в подворье и для отправления службы Божией Греческого языка». В этой грамоте повелевалось присылать каждые четыре года архимандрита и четырех старцев для отправления религиозных служб на греческом языке и, что примечательно, под страхом опалы и гнева запрещалось им привозить с собой для продажи заграничные товары – видно, и тогда москвичи были падки на заморские соблазны.
Цари имели большое уважение к грекам и греческому православию: монастырь освободили от казенных податей и сборов, а монахи приезжали без платежа прогонных денег. Не только богослужебные вопросы интересовали власти. Монахи были знатоками греческой кухни и угощали ею самого царя: так, например, в 1658 г. на первой неделе Великого поста архимандрит монастыря Дионисий и келарь Евсигней «строили кушанье государю патриарху по-Гречески».