Преподавание в Московской академии велось по образцу известной Киево-Могилянской академии. Всего было девять классов. Сначала ученики учились читать и писать, в качестве учебных книг использовались азбука, «Часослов» (то есть тексты суточного богослужения, часов), «Псалтирь» (книга псалмов, песнопений); потом они переходили в первый класс академии, «фару», где уже преподавалась латынь, а во втором, «инфиме», изучалась грамматика славянского и латинского языков, катехизис (от греческого слова, означающего поучение; изложение вероучения в виде вопросов и ответов), в третьем, «грамматике», и четвертом, «синтаксиме», продолжалось изучение славянской грамматики, а также географии, истории, арифметики, катехизиса; пятый класс, «пиитика», был посвящен латинскому языку уже в полном объеме: студенты писали сочинения на исторические темы; в шестом, «риторике», упражнялись в составлении и произнесении проповедей и стихосложении. Два последних класса – философский и богословский – завершали академическое образование.
Переход в нижних классах происходил после экзаменов, которые заменялись в высших публичными диспутами, проводимыми на латыни. Искусство составления и произнесения проповедей считалось одним из самых важных. Они произносились в Спасском соборе, который был академической (учебной) церковью, и там, около левого клироса, стояла церковная кафедра, откуда и произносились проповеди, за кафедрой стояла икона святого Митрофана Воронежского с раскрытой книгой со стихами, которые и сейчас отнюдь не потеряли злободневности:
В числе учащихся академии были выходцы из самых разных слоев общества: князья Одоевские и Голицыны, родственники патриарха дети Тимофея Савелова, а с ними и сын конюха, и лакеи, и монахи. Студенты академии пополняли состав других учебных заведений, особенно медицинских, где очень нужно было знание латыни, а при основании университета при Петербургской академии из Московской академии было затребовано несколько хороших студентов, в числе которых был и Михайло Ломоносов. Из исследований историка А.И. Рогова известно, что студенты посылались и за границу: во Францию и даже в «Персиду» овладевать турецким, арабским и персидским языками.
В петровское время попечителем – «протектором» – академии назначили митрополита Стефана Яворского, сторонника изучения латинского языка, и академия становится «славяно-латинской» (только в 1738 г. было восстановлено изучение греческого языка). Государство рассматривало академию как источник образованных и полезных для него людей и часто, не дав кончить учебный курс полностью, посылало студентов в разно образные места. Только к середине XVIII в. академия становится узкосословным духовным учебным заведением. В 1775 г. академию возглавлял московский митрополит Платон Левшин, один из самых замечательных русских церковных деятелей, один из самых известных проповедников (его звали «апостолом московским»), автор нескольких учебных книг. Лучше всего его характеризует то, что он не побоялся отозваться о преследуемом Новикове: «Желал бы побольше видеть таких христиан». Платон много хорошего сделал для академии, при нем она существенно расширилась – там насчитывалось более тысячи учеников, он же построил «бурсу», двухэтажное здание с правой стороны участка вдоль Китайгородской стены, предназначенную для студенческого общежития.