Симеону Полоцкому, возможно, принадлежит и проект создания академии, куда должны были приниматься «всякого чина, сана и возраста люди, точию [т. е. только] православныя Христианския восточныя веры приходящие ради научения». К 1682 г. относится «Привилегия» на открытие нового для России учебного заведения: «Божией милостью Великий Государь, Царь и Великий Князь Феодор Алексеевич… благоволим в царствующем нашем и богоспасаемом граде Москве при монастыре премудрости и смысла подателя Всемилостивого Спаса, иже в Китае… на взыскание юных свободных учений мудрости, и собрания общего ради от благочестивых и в писании божественном благоискусных дадскалов, изощрения разумов, храмы чинов Академии устроити; и во оных хощем семена мудрости, то есть науки гражданския и духовныя, наченше от грамматики, пиитики, риторики, диалектики, философии разумительной, естественной и нравной даже до богословии учащей вещей божественных, и совести очищения постановити. При том же и учению правосудия духовнаго и мирскаго, и прочим всем свободным наукам, ими же целость Академии, сиречь училищ, составляется быти… на житие блюстителю того училища и учителем монастырь Всемилостивого Спаса иже во граде Китае близ Неглинных врат, на строение же училищ по чину Академии земли подле того монастыря к Неглинным вратам… в длину на 18 саженей поперек на 16 саженей… Благоволим… при монастыре… храмы чином Академии устроити…»
Согласно этому документу, для академии предоставлялся «монастырь Всемилостивого Спаса иже во граде Китае близ Неглинных врат». Так как Заиконоспасский монастырь был небольшим, то для новой академии к его участку прирезали землю из соседнего Земского приказа, которая сдавалась частным владельцам (Ортюшке Ветошникову и Панкратию Петрову) – «в длину на 18 саженей поперек на 16 саженей» (несколько больше 600 кв. м). Для материального обеспечения монастыря к нему приписывались 7 других монастырей с их землями и доходами, а в академию отдавалась царская библиотека.
Симеон Полоцкий воспитал талантливого ученика Сильвестра Медведева, который и жил вместе с ним в Заиконоспасском монастыре. Сильвестр «от юности возраста был многоречив и остроглаголив», ученик школы по дьячих Симеона Полоцкого в Заиконоспасском монастыре, он добился больших успехов, изучая историю, философию, богословие, греческий, латинский, польский, немецкий языки. Жил он в самом монастыре, где ему отвели «богатейшую из иных всех келлию», он был и книжным справщиком, для чего требовалось немалое знание богослужебных книг. После смерти своего учителя он – издатель рукописей Симеона Полоцкого и преемник его просветительской деятельности. Сильвестром Медведевым в 1685 г. при правительнице Софье было подано прошение об учреждении академии при Спасском монастыре, которая утверждается в 1686 г.
Создание первого высшего учебного заведения в России было делом образованнейших людей того времени, а в особенности князя Василия Васильевича Голицына, покровительствовавшего украинским ученым Епифанию Славинецкому, Симеону Полоцкому и его ученику Сильвестру Медведеву. Был составлен проект академии, в котором объявлялось: «Сему нашему от нас, Великого государя, устроенному училищу быти общему, и всякого чина, сана и возраста людем, точию православныя Християнския восточныя веры приходящим ради научения, без всякого зазора свободному…»
Вокруг создания академии развернулась нешуточная борьба, которая была частью более общих тенденций в русском обществе конца XVII в., борьба мракобесов, боящихся всего нового, а особенно всего, что шло с Запада, и приверженцев выхода России из самоизоляции, косности, загнивания, подобного восточным деспотиям, угрозы потери независимости, отставания от значительно более передовой технической культуры, борьба, которая в разных формах идет и в настоящее время… Приверженцем старого и отжившего была воинствующая православная церковь в лице патриархов и высших иерархов с животным страхом «латинства» и боязнью иностранцев, прикосновение к которым считалось невозможным. Даже православные украинцы и греки были несколько ущербными, они считались не совсем чистыми, не истинными христианами.
Само знание латинского, тогда международного, языка общения образованных людей, воспринималось как признак измены истинной религии: призывали хранить «стадо Христово от латинского писма и книг, яко все в них есть учение антихристово», то есть лучше быть невеждой, чем просвещенным и образованным, ибо это было невозможно без овладения западной наукой. Симеон Полоцкий и Сильвестр Медведев убеждали правящую элиту способствовать насаждению «свободных наук», рассматриваемую как часть продуманной государственной программы преодоления отставания России, они заботились о престиже государства, призывая «отъять понос… что Россия не весть наук знати».