Сведения, дошедшие до нас об этом событии, весьма темны и противоречивы. Митрополит Никон описал этот эпизод в послании к царю; но его указания не внушают особенного доверия, обнаруживая явное намерение автора выдвинуть по этому поводу свою роль и свою личность. Документ тем не менее весьма любопытен; он рисует будущего патриарха подверженным галлюцинациям. Быть может, он искренне верил в них, хотя видения оказались подобранными весьма искусно. Никон уверяет, что в соборе святой Софии созерцал видения, которые предупредили его о предстоящем испытании. Образ Христа, оживившись, возлагал на его голову мученический венец. Если отбросить мистические предзнаменования, можно предположить, что нападение на митрополичьи покои было вызвано слишком энергичным образом действий властного Никона. Он заступился за правительственного пристава, захваченного и высеченного бунтарями, которые бросились тогда в покои митрополита, подвергнувшегося жестоким побоям. Никону пришлось слечь; он харкал кровью и, если верить ему, готовился к смерти. Обладая, однако, несокрушимым здоровьем, он хворал не особенно долго. А новгородские бунтари, последовав примеру псковских, послали в Москву уполномоченных, которые должны были оправдать их действия.
Алексей, следуя дипломатическим традициям московской политики, остерегся проявить свое недовольство. Он лично принял послов и произнес длинную речь, содержавшую защиту его как правителя. В то же время, вместо того чтобы послать в Новгород сильный отряд для подавления бунта, он отправил туда лишь парламентера со слабым прикрытием. Он завязал даже переговоры с одним из вождей восстания, Федькой Негодяевым, который исходатайствовал, чтобы Никону был послан суровый выговор за церковные новшества, которые будто бы возмутили население.
Хитрость завершилась блестящим успехом. Федьке удалось ввести в город небольшой отряд князя Ивана Хованского; царь тотчас же переменил тон, приказав наказать различными карами некоторых бунтовщиков. Поспешность расправы была так велика, что некто Фома Меркурьев был приговорен к наказанию в то самое время, когда ему выражалась признательность за то, что он защищал воеводу и митрополита!
Новгородский митрополит, влияние которого казалось временно пошатнувшимся, вышел из этого испытания еще более укрепленным. Он подготовил одну из самых блестящих побед, которые когда-либо одерживала церковь в своем извечном соперничестве со светскою властью.
Алексей не замедлил раскаяться в том, что опорочил авторитет и поведение избранника, удостоившегося пророческих видений. В 1651 году он вызвал его в Москву и совершенно подпал под его влияние.
Царь имел пристрастие к религиозным церемониям, удовлетворявшим одновременно его мистические и художественные наклонности. Никон искусно использовал эти влечения, порадовав царя торжеством по случаю перенесения в Москву останков двух мучеников «смутного времени», патриархов Гермогена и Иова. Затем дошла очередь до мощей святого Филиппа, павшего в неравной борьбе с Иваном Грозным. Светской власти пришлось примириться с посмертным торжеством подвижника церкви. Царь письменно изложил свою скорбь о преступлении, совершенном его прадедом с материнской стороны. Переписка Алексея Михайловича с новгородским митрополитом свидетельствует о необычайном подчинении духа; властный темперамент Никона, казалось, лишил набожного молодого государя не только воли, но и сознания своего достоинства. Он преклоняется, как ученик перед суровым учителем, трепещет, как самый смиренный из кающихся перед священником.
Молодость и повышенная впечатлительность поясняют это необычайное явление. Алексей как раз в это время был глубоко потрясен смертью патриарха Иосифа. Царю приписывали намерение низложить Иосифа — алчного, скупого, небрежного к своим обязанностям. Алексей, быть может, действительно подумывал иногда об этом и испытывал поэтому угрызения совести. Проникнув в покой, где лежало покинутое всеми тело патриарха, он испугался почти до потери сознания. Преодолев свое волнение. он стал молиться у изголовья усопшего. Вдруг раздался звук, вызванный разложением трупа; Алексей содрогнулся, хотел убежать; но снова подавил свое смущение, и тогда практический здравый смысл внушил ему необходимость выполнить еще одну обязанность: патриарх оставил значительные богатства — если царь не позаботится оградить их, не уцелеет и половина. И вот государь приступил к собственноручному составлению подробной описи. Он обнаружил огромное количество драгоценных чаш. старательно завернутых, по московскому обычаю, в три или четыре бумаги. Алексей своими руками разворачивал их. Некоторые предметы, признается он, соблазняли его, но он преодолел искушение. Работая таким образом, он оплакивал усопшего; Алексею удалось совершенно забыть о его недостатках. В то же время он всею своею растроганной душой устремился к тому иерарху, который пленил его своим выдающимся умом и силою характера и которого он прочил в преемники Иосифу.