В 1656 году Никон произвольно уничтожил коломенскую епархию. присоединив ее к своей со всеми ей принадлежавшими доходами. В то же время он повысил обложение, ежегодно вносимое патриарху вновь назначенными священниками, заставляя простых попов приезжать для этой цели в Москву, где их задерживали от трех до шести месяцев и принуждали в самые сильные морозы выстаивать многие часы на дворе патриаршего дворца. От одних столичных церквей он получал по 14 000 рублей и требовал даже часть доходов от Троицкой лавры. Если верить Павлу Алеппскому, Никон имел до 20 000 в день.
В 1655 году он построил себе новый дворец, который обошелся в 50 000 рублей, хотя строительные материалы были доставлены царем, а работы производились собственными крепостными патриарших земель. Домашний обиход Никона отличался чрезвычайной пышностью; стол был изобильный и пили много. Перед обедом патриарх и его гости выпивали по три стакана водки, затем разные напитки подавались к каждому блюду. Между тем перемены в меню того времени насчитывались десятками, не считая закусок.
Никон любил роскошь и всякого рода эффекты. Некоторыми чертами характера он упредил Потемкина. Собираясь принять царя в одной обители, он с большими расходами собрал туда целые сонмы иноков из окрестных монастырей. Облачение его бывало до такой степени перегружено жемчугом и драгоценными что. несмотря на свою атлетическую силу, Никон не мог вынести его тяжести и принужден был переоблачаться во время богослужения. Уверяли, будто он любуется на себя в зеркало во время священнодействия. Впрочем, в чем только его не обвиняли!.. Не только в том, что он дал себя подкупить полякам, но и в том, будто осквернил одного дьякона, предварительно споив его, и при таких же условиях изнасиловал женщину под предлогом уделения ей лекарства!..
Никон, несомненно, создал себе много врагов, которые рады были впоследствии возможности возводить на него всякие небылицы. Раскольники считали наибольшим его грехом то, что он, по примеру римских первосвященников, носил изображения Христа и Матери Божией на своих туфлях.
Но расходная книга патриарха свидетельствует также о ежедневной раздаче щедрых подаяний, и Павел Алеппский, быть может, недалек от истины, утверждая, что Никон, несмотря на свою суровость, был дорог большинству русских, как папа католикам.
И действительно, популярность Никона проявилась с полной очевидностью после его опалы; позднее Стенька Разин пытался еще использовать ее. Чтобы внушить расположение простонародью, Никон не брезгал такими средствами, как приглашение к праздничному столу одного из почитаемых в Москве юродивых; патриарх сам наливал ему вино, выпивая из кубка оставшиеся после юродивого капли.
Несмотря на то, что власть патриарха ограничивалась делами одной церкви, с течением времени неизбежно должны были возникнуть различные столкновения ее с властью такого государя, как Алексей, ревниво оберегавшего свои прерогативы в этой именно области. Кроме того, Никон привык обращаться с приказаниями и указами, даже по личным делам, к агентам светской власти; первым узурпировал это право патриарх Филарет. Алексей сначала не подал вида, что недоволен. Вышло даже так, что преемник Иосифа стал пользоваться титулом «великий государь». Никон уверял позднее, что эта милость была ему предоставлена за заслуги, оказанные во время первой войны с Польшей. В документах, дошедших до нас, не осталось никакого упоминания об этом, но с 1655 года этот титул неизменно фигурирует в переписке царя: Алексей всегда включал в свои письма приветствие московскому патриарху».
В мае 1654 года царь надолго уехал к польской границе. Регентом как бы по безмолвному уговору остался «собинный друг» царя Никон. Он управлял церковью и государством. В следующем году, уезжая снова в поход, Алексей подтвердил это соглашение. Прощаясь с посетившим Москву патриархом антиохийским, царь сказал ему, указывая на Никона: «Вот мой заместитель, поручаю вас ему». После молебна о даровании победы московским войскам Никон произнес речь, длившуюся около часа. Царь слушал стоя, со сложенными молитвенно руками, в позе, повергшей присутствующих в изумление: «Точно один был рабом, а другой его властелином».