Обязательным разделом для ниндзя было также умение плавать. В большинстве районов Японии много рек и озер, и умение преодолевать их, использовать для перемещений и подкрадывания, было жизненно важным навыком. Кроме того, плавание способствовало гармоничному развитию и укреплению тела. Ниндзя также отрабатывал специальные навыки ведения поединка в воде. Он должен был не только уметь плавать, но и подолгу находиться под водой. Из некоторых источников явствует, что ниндзя мог оставаться под водой до 5 минут, не используя при этом специальных приспособлений типа дыхательных трубок или кожаного мешка, наполненного воздухом. Если учесть, что современные искатели жемчуга спускаются на большую глубину и остаются при этом физически активными около 3 минут, то вполне правдоподобно, что на глубине немногим более двух метров человек, лежа неподвижно на дне, мог оставаться под водой значительно более длительное время.
Особое внимание уделялось постановке правильного дыхания, являющегося не только залогом выносливости, но и позволяющего управлять внутренней энергией тела — ки.
Ниндзя достигали высочайших результатов в стайерском и спринтерском беге. Сайко Фудзита, являющийся мастером нин-дзютсу школы Кога-рю, утверждает, что существовали ниндзя, способные преодолеть расстояние между Эдо (нынешнее Токио) и Осака (около 560 км) всего за три дня. Это мало похоже на правду, но мастер Хатсуми свидетельствует, что для хорошо подготовленного ниндзя марш-бросок в 110 км за один день не такая уж невыполнимая задача (вспомним факт, подтвержденный историческими источниками: армия Александра Македонского преодолевала за один день до 110 км). Считалось, что ниндзя овладел спринтом, если соломенная шляпа, положенная на его грудь, при беге удерживалась на груди потоком встречного воздуха. Быстрый бег позволял передавать информацию на большие расстояния, уходить от преследователей, беря их измором или отрываясь от них мощным рывком.
Выносливость достигалась следующим образом: ниндзя подвешивался на руках за ветку высокого дерева. Время упражнения постепенно увеличивалось по мере укрепления мышц и связок. Подготовленный ниндзя мог провисеть в таком положении около 1 часа.
Работа с точками энергетических меридианов велась с раннего возраста. Знание важнейших точек и умелое обращение с ними позволяло избавляться от многих болезней и травм, полученных ниндзя во время его опасной деятельности.
Ночной воин целенаправленно занимался закалкой своего организма, позволявшей ему переносить холод и жару, переутомление и истощение, пытки и боль от ран.
Легендарной была стойкость ниндзя при пытках, которым он подвергался, попав в плен к неприятелю. Изощренные восточные методы пыток (например, сдирание кожи или обваривание кипятком) были для ниндзя самым серьезным испытанием. И требовали от него, кроме железной воли, еще и постоянных упражнений для повышения порога болевой чувствительности. Воин-лазутчик постоянно развивал терпимость к ожогам, обморожению, порезам.
Высокий уровень физической подготовки и отличное состояние здоровья спасали при жестоких пытках, которым подвергались плененные ниндзя. Одна из таких пыток, получившая название «свинья», выглядела следующим образом: человеку просто отрезали руку, причем рана сразу заживлялась. Такая же участь ждала и все остальные конечности тела. После этого человека оставляли в живых. Перенести эти муки и не погибнуть в самом их начале способен был лишь человек отменного здоровья и с высокими физическими кондициями.
В юности ниндзя особым образом формировал свое тело. Когда кости были еще мягкими, суставы особенно подвижными, а связки эластичными и податливыми, ниндзя учился смещать суставы в нужном направлении. Эта способность позволяла ему освобождаться от связывающей его веревки, удлинять конечности, пролезать в узкие окна и ходы. Считалось, что если в дыру пролезает голова, то в нее может протиснуться и все тело.
Огромное внимание в подготовке «ночных демонов» уделялось прыжковой технике, позволявшей делать фантастически высокие и широкие прыжки. Тайный лазутчик часто должен был прыгать с одной крыши на другую, с дерева на дерево, преодолевать при бегстве овраги, каменные стены или изгороди. Фудзита утверждает, что ниндзя могли перепрыгивать препятствия высотой 7 футов (2,13 метра) — результат, который вызывает уважение даже у известных спортсменов-прыгунов современности. Способность к прыжкам развивалась с помощью специальной регулировки дыхания и тренировки мышц. Прыжки в длину через глубокие рвы и ловушки, подобные «волчьим ямам», учили их не бояться опасности жесткого падения с высоты и приучали к особой технике приземления не только на ноги, но и на руки с последующим подтягиванием.
Особой статьей было умение взбираться на вертикальную стену. Предварительно разогнавшись, ниндзя, сохраняя равновесие и используя инерционные силы, взбирался на стены высотой до 3 метров, чем обескураживал своих противников. Часто сразу же за этим он спрыгивал назад на землю и молниеносно поражал преследующего его врага.