В современной исторической и юридической литературе имя Андрея Януарьевича Вышинского ассоциируется, как правило, с громкими судебными процессами 1930-х гг., в которых он выступал главным обвинителем. Его называют «рулевым большого террора», «карающим мечом советского правосудия», «главным инквизитором вождя» и другими подобными эпитетами.
В 1935–1939 гг. он был прокурором СССР, а 31 мая 1939 года на сессии Верховного Совета СССР был утвержден заместителем председателя СНК СССР. На этом посту он курировал культуру, науку, образование и репрессивные органы. Ни один приказ наркома внутренних дел СССР, наркома юстиции СССР, прокурора СССР, ни одно постановление Пленума Верховного Суда СССР не могло быть утверждено без его распоряжения. Плюс он «разруливал» конфликты внутри репрессивных ведомств.
25 июля 1945 года А. Я. Вышинский представил В. М. Молотову записку, в которой подводились промежуточные итоги лондонских переговоров. В свою очередь, Молотов информировал Сталина о проходящих переговорах и, приведя пункты, о которых писал ему Вышинский, уточнил:
«Мы считаем, что эти крайне неопределенные формулировки дают возможность признать международным преступлением и военные мероприятия, проводимые в качестве обороны против агрессии. Как известно, в ходе последней войны наши и англо-американские войска вторглись в Германию, что, однако, ни с какой точки зрения нельзя рассматривать как международное преступление. Мы считали бы возможным принять указанные пункты лишь при условии, если бы в них было включено ясное указание на то, что речь идет о фашистской агрессии. Нашим представителям в Лондоне даны указания решительно возражать против указанных двух пунктов. Однако англичане и американцы настойчиво добиваются их сохранения, французы их в этом поддерживают».
5 сентября 1945 года советское правительство и Политбюро ЦК ВКП (б) приняли идентичные решения о подготовке Нюрнбергского процесса. Была создана специальная правительственная «Комиссия по руководству подготовкой обвинительных материалов и работой советских представителей в Международном военном трибунале в Нюрнберге». Ее главой стал А. Я. Вышинский, а членами — прокурор СССР К. П. Горшенин, председатель Верховного суда СССР И. Т. Голяков, нарком госбезопасности В. Н. Меркулов, а также его заместитель генерал-полковник Б. З. Кобулов.
6 сентября в состав Комиссии Вышинского был включен и глава армейской контрразведки СМЕРШ В. С. Абакумов, а 3 ноября — нарком юстиции Н. М. Рычков.
Вышинский и члены его Комиссии готовили директивы для советской делегации в Нюрнберге, подбирали обвинителей, переводчиков, связистов, шифровальщиков и других работников для отправки в Нюрнберг. Причем каждый из подлежавших отправке на процесс проходил проверку через аппарат Наркомата госбезопасности (НКГБ), после чего его кандидатура передавалась Комиссии по выездам за рубеж во главе с секретарем ЦК ВКП (б) Г. М. Маленковым.
21 ноября 1945 года Политбюро ЦК ВКП (б) решило создать еще одну Комиссию, теперь уже непосредственно в Нюрнберге — тоже под председательством А. Я. Вышинского. Его заместителем стал К. П. Горшенин.
Однако даже эта новая Комиссия Политбюро не была последней инстанцией. Принятие ключевых решений было исключительной компетенцией Сталина. Косвенно об этом позволяет судить журнал записи лиц, посещавших его кремлевский кабинет. Например, в 1945 году А. Я. Вышинский был у товарища Сталина 60 раз. Для сравнения: маршал Г. К. Жуков в том же году встречался с верховным главнокомандующим лишь 11 раз. И беседы Сталина с Вышинским были обстоятельными: нередко они длились по два часа и более. Иногда Вышинский заходил к вождю даже дважды в сутки.