Шахт активно поддерживал нацистскую партию до ее прихода к власти 30 января 1933 г. и поддерживал назначение Гитлера на пост канцлера. После этой даты он играл важную роль в интенсивной программе перевооружения, которая была принята, и использовал возможности имперского банка в наивеличайшей степени для германских усилий в области перевооружения. Имперский банк выполнял свои, ставшие традиционными, обязанности финансового агента германского правительства и выпускал долгосрочные правительственные займы, и собранные в результате фонды использовались для перевооружения. Он разработал систему, согласно которой выпущенные на пять лет векселя, известные под названием векселей «МЕФО», гарантированные имперским банком и обеспеченные фактически лишь его положением как эмиссионного банка, использовались для приобретения крупных сумм на перевооружение за счет краткосрочных денежных операций.
В качестве министра экономики и генерального уполномоченного по вопросам военной экономики он активно участвовал в организации германской экономики для войны. Он разработал детальные планы промышленной мобилизации и координации деятельности промышленности с армией на случай войны. Он был особенно озабочен дефицитом в области сырья и начал проводить в жизнь программу накопления запасов и системы контроля над валютой, которая была предназначена к тому, чтобы помешать слабости положения Германии в области иностранной валюты, препятствовать приобретению за границей сырьевых материалов, необходимых для перевооружения. 3 мая 1935 г. он послал меморандум Гитлеру, в котором говорилось, что «
В апреле 1936 года Шахт начал терять свое влияние в качестве центральной фигуры в области германского перевооружения, когда Геринг был назначен на пост уполномоченного по координации вопросов сырья и иностранной валюты. Геринг выступал за очень широкую программу производства синтетического сырья, против которой Шахт возражал на том основании, что вызванное этой политикой финансовое напряжение может привести к инфляции. Влияние Шахта далее уменьшилось, когда 16 октября 1936 г. Геринг был назначен чрезвычайным уполномоченным по вопросам четырехлетнего плана, с заданием «привести всю экономику в состояние готовности к войне в течение четырех лет».
Шахт протестовал против объявления этого плана и назначения Геринга на пост руководителя по проведению этого плана, и совершенно ясно, что предпринятый Гитлером шаг означал решение, что экономическая политика Шахта была слишком консервативной для решительной программы перевооружения, которую Гитлер хотел провести в жизнь.
После назначения Геринга Шахт и Геринг часто вступали в многочисленные споры. Хотя в этих спорах имелся и элемент личных разногласий, Шахт был не согласен с Герингом по некоторым основным политическим вопросам. Шахт, исходя из финансовых соображений, выступал за сокращение программы перевооружения, возражал против предполагавшегося расширения производственных возможностей, считая это неэкономным, в особенности в области синтетического производства, и настаивал на решительном сокращении государственного кредита и на осторожной политике в области германских запасов иностранной валюты.
В результате этих споров и жестокого спора, в котором Гитлер обвинял Шахта в срыве его планов с помощью финансовых методов, Шахт 5 сентября 1937 г. ушел в отпуск из министерства экономики, а 16 ноября 1937 г. вышел в отставку с поста чрезвычайного министра экономики и уполномоченного по вопросам военной экономики.