В качестве президента имперского банка Шахт все еще вступал в разногласия. На протяжении 1938 года имперский банк продолжал выполнять функцию финансового агента германского правительства и выпускал долгосрочные займы для финансирования вооружения. Однако 31 марта 1938 г. Шахт прекратил практику выпуска краткосрочных векселей, гарантированных имперским банком, на расходы по вооружению. В конце 1938 года, пытаясь получить контроль над фискальной политикой через имперский банк, Шахт отказался выполнить срочное требование имперского министра финансов на специальные кредиты для выплаты заработной платы государственным служащим, которая не могла быть покрыта за счет существующих фондов. 2 января 1939 г. Шахт совещался с Гитлером и во время этого совещания убеждал его сократить расходы на вооружение. 7 января 1939 г. Шахт представил Гитлеру отчет, подписанный правлением Рейхсбанка, в котором настоятельно требовал решительного сокращения расходов на вооружение и создание сбалансированного бюджета в качестве единственного средства для предотвращения инфляции. 19 января Гитлер освободил Шахта с поста президента имперского банка. 22 января 1943 г. Гитлер освободил Шахта с поста министра без портфеля в связи со «
Совершенно ясно, что Шахт был центральной фигурой в германской программе перевооружения и что предпринятые им шаги, в особенности в первые дни нацистского режима, дали нацистской Германии возможность быстро стать военной державой. Но перевооружение, как таковое, не является преступным актом в соответствии с Уставом. Для того чтобы оно явилось преступлением против мира, как оно предусматривается статьей 6 Устава, должно быть доказано, что Шахт проводил это перевооружение как часть нацистского плана для ведения агрессивных войн.
Шахт утверждал, что он принимал участие в программе перевооружения лишь потому, что он хотел создать сильную и независимую Германию, которая могла бы проводить внешнюю политику, способную завоевать ей уважение и равное положение с другими европейскими странами, он утверждал, что когда он обнаружил, что нацисты перевооружаются с агрессивными целями, он пытался замедлить темпы перевооружения, а также, что после отставки фон Фрича и фон Бломберга он принимал участие в заговоре, направленном на то, чтобы избавиться от Гитлера сначала путем смещения его, а позднее и путем убийства.
Уже в 1936 году Шахт начал выступать за сокращение программы перевооружения по финансовым соображениям. Если бы политика, за которую он выступал, была проведена в жизнь, Германия не была бы подготовлена к общеевропейской войне. Его настойчивые попытки провести эту политику привели впоследствии к его отставке со всех постов, имевших экономическое значение в Германии. С другой стороны, Шахт, будучи прекрасно осведомленным в германских финансах, находился в особенно выгодном положении для того, чтобы понять подлинный смысл сумасшедшего перевооружения, которое проводил Гитлер, и осознать, что принятая экономическая политика могла иметь своей целью только войну.
Более того, Шахт продолжал участвовать в германской экономической жизни и даже, в меньшей степени, — в некоторых из ранних нацистских агрессий. Перед оккупацией Австрии он установил обменный курс марки и шиллинга. После оккупации Австрии он организовал включение австрийского национального банка в систему имперского банка и произнес горячую пронацистскую речь, в которой он заявил, что рейхсбанк останется нацистским до тех пор, пока он с ним будет связан, восхвалял Гитлера и защищал оккупацию Австрии, осмеивая возражения против того, как она была проведена, и закончил свою речь возгласом: «Нашему фюреру, троекратное зиг хайль». Он не оспаривал, что эта речь являлась выражением его взглядов в тот период.
После оккупации Судетской области он организовал валютную конверсию и включение в имперский банк местных эмиссионных чешских банков. 29 ноября 1938 г. он произнес речь, в которой с гордостью ссылался на свою экономическую политику, которая обеспечила высокий уровень германского вооружения, и добавил, что это вооружение сделало возможной германскую внешнюю политику.