Перед тем как предстать перед Верховной комиссией, делегаты обсудили компромиссное решение: Френсис станет магистром, но это не создаст прецедента для вступления других католиков в состав ученых университета. Ньютон отказался подписать такое решение и предложил посоветоваться с юристом. В конце концов делегация согласилась с Ньютоном. Когда кембриджские профессора оказались перед Джеффрисом, вице-канцлер, по-видимому достаточно напуганный, начал сбивчиво излагать мнение делегации. Ньютон молчал (впрочем, Джеффрис и не давал никому говорить, тут же прерывая каждого). Делегацию выпроводили из зала, затем позвали, чтобы объявить решение: Печелла отстранили от должности и лишили связанных с ней доходов, а членов делегации предупредили о возможности более суровых репрессий. Это не было пустой угрозой: Оксфордский университет испытывал в то время еще более сильные удары, там король требовал избрания на пост президента Магдалининской коллегии крайне одиозного католика, и Джеффрис бушевал еще сильнее, чем на процессе Кембриджского университета.
Но шел уже последний год царствования Якова II. Король восстановил против себя всех — не только лондонскую буржуазию, но и землевладельцев, не только пресвитериан, но и иерархов англиканской церкви. Буржуазия была заинтересована в усилении роли Англии на континенте, и политика Стюартов, отдававших интересы государства в жертву Людовику XIV, главе общеевропейской католической реакции, вызывала озлобление. Йомены вспоминали о прошлом, они были готовы к новым боям. Даже старая аристократия отвернулась от династии — компромисс с буржуазией требовал ее смены. Парламентская оппозиция вела переговоры с правителем Нидерландов Вильгельмом Оранским, который был женат на дочери Якова II Марии. В ноябре 1688 г. Вильгельм с войском высадился в Англии. Яков II бежал во Францию. Начались выборы в новый парламент, который в феврале 1689 г. объявил Вильгельма королем, а Марию II Стюарт — его соправительницей.
Членом этого парламента — представителем Кембриджского университета — оказался Ньютон, примкнувший к вигам. Собственно, слово «примкнувший» требует оговорок. Как уже было упомянуто, Ньютон, кроме просьбы закрыть окно, не выступал в парламенте. Что же касается его политических симпатий, то они давно уже соответствовали программе вигов. Защита пресвитерианской церкви и того, что получило название «низкой церкви», выступления против католической реакции и концепция ограниченной законами и парламентом королевской власти соответствовали основным религиозным и политическим взглядам Ньютона и до избрания его в парламент. Деление на консерваторов и либералов появилось уже в Долгом парламенте, в 1641 г. Маколей полагает, что это разделение, прошедшее через всю страну, пробужденную к активным политическим и религиозным столкновениям, стало отчетливым в связи с длительным и систематическим его отражением в парламентских дебатах. В 40-х годах названия «кавалеров» и «круглоголовых» соответствовали разделению партий и в парламенте, и в стране. Название «виги», появившееся в 1679 г., первоначально презрительное, обозначало шотландских пуритан, восставших против католической реакции. Впоследствии это название было принято партией, находившейся в оппозиции к вернувшимся Стюартам. Примерно в то же время сторонники англиканской церкви, подчеркивавшие ее монархические основы, святость королевских прерогатив и подчас сближавшие англиканскую церковь с католической, приняли имя «тори», также данное им противниками (это была презрительная кличка ирландских защитников папизма, объявленных вне закона). Ядром этой партии были «кавалеры» Долгого парламента. Такова предыстория современных либералов и консерваторов.
Ньютону, который отнюдь не был активным деятелем партии вигов, принадлежит тем не менее весьма точная общая формулировка их основного тезиса. В одном из его писем, относящемся к тому времени, когда произошел инцидент с Альбаном Френсисом, говорится: «Всякий честный человек по законам божеским и человеческим обязан повиноваться законным приказаниям короля. Но если его величеству советуют потребовать нечто такое, чего нельзя сделать по закону, то никто не может пострадать, если пренебрежет таким требованием» (4,