Относительно звёздного каталога пришли к компромиссу: в первом томе будет напечатан звёздный каталог текущих наблюдений, а настоящий, большой каталог будет напечатан лишь тогда, когда будет окончен полностью.
Ньютон не разрешал печатать первый том до тех пор, пока готовый каталог постоянных звёзд не будет в его руках. Флемстид согласился с этим условием, но лишь в том случае, если экземпляр останется запечатанным до момента, когда он пойдёт в печать. Хотя Ньютон обещал ему это сделать, он тут же взломал печать и выписал интересующие его данные. Ньютон не видел в этом ничего зазорного. Не выполнил нетерпеливый Ньютон и других условий, которыми Флемстид обусловил передачу материалов — держать данные в тайне и сообщать Флемстиду о результатах, к которым приводят вычисления.
Печатание книги, хотя и не скоро, началось, и вскоре Ньютону (именно Ньютону, а не Флемстиду) были даны для просмотра первые листы. Ньютон выправил их и послал в типографию. В этот момент их увидел Флемстид, воспользовавшийся выговоренным им правом беспрепятственного входа. Увидев список «ошибок», Флемстид вскипел. И весь следующий месяц занимался доказательством того, что никакие исправления не нужны. Исправления касались действительно незначительных вещей, и Ньютон, казалось, испытывал в связи с этим если не муки совести, то некоторые колебания настроения.
Флемстид спешил. Получая листы, он отправлял их назад, в типографию, экипажем. Флемстид спешил потому, что его вычислители требовали денег, которые он мог выплатить лишь с выручки за книгу, не надеясь уже на Ньютона, который при встречах со значением рассказывал о финансовых трудностях, с которыми сталкивается принц. Не спешил, однако, Черчилль. Хотя он должен был бы печатать пять листов за неделю, хорошо, если он делал за неделю лист.
Флемстид болезненно воспринимал уколы судьбы. Его настроение всё ухудшалось, тем более что его стала мучить подагра. Соответственно распалялся и Ньютон, понимавший, что ему никак не удаётся справиться с этим человеком.
В апреле 1707 года Ньютон вместе с Грегори поехал в Гринвич с тем, чтобы вручить Флемстиду ультиматум. Поскольку печатание первого тома уже оканчивалось, Ньютон и Грегори в резкой форме потребовали от Флемстида, чтобы он вручил им результаты своих наблюдений с большим квадрантом и отдал экземпляр каталога постоянных звёзд. Тогда ему будут выплачены деньги на вычислителей. Ньютон и Грегори сказали Флемстиду, что эксперты распорядились приостановить печатание книги и не выплачивать денег до тех пор, пока он не выполнит этих условий. Ультиматум провалился. Флемстид данных не отдал, а печатание продолжалось. В дополнение ко всему Флемстид обнаружил кое-какие новые ошибки в «Началах», о чём с удовлетворением сообщил Ньютону.
Когда печатание основной части первого тома было окончено, встал поистине роковой вопрос: печатать ли каталог постоянных звёзд в первом томе, как хотел Ньютон, или в третьем, как хотел Флемстид? Работы прекратились. 20 марта 1708 года в Замковой таверне собрались все заинтересованные лица. Они постановили, что Флемстид обязан отдать результаты измерений, сделанных на большом квадранте, а также новый каталог постоянных звёзд, принесённый им на встречу. Во время печатания Флемстид будет продолжать вносить исправления в каталог, который он отдал два года назад. В ответ Ньютон заплатит Флемстиду 125 фунтов, а остальную сумму, причитающуюся ему, астроном получит, когда он отдаст полностью завершённый каталог постоянных звёзд.
Хотя Флемстид и этого решения не выполнил, печатание тем не менее продолжалось. Флемстид считал, что у Ньютона ещё вполне достаточно материала для второго тома — 175 страниц; пока они будут печататься, он будет совершенствовать каталог.
В октябре умер принц Георг. Дело с печатанием книги надолго застряло. Ньютон так рассвирепел (принц умер, а работа не окончена), что воспользовался первым же предлогом (неуплатой взносов), чтобы изгнать Флемстида из Королевского общества.