«…Представьте себя на моём месте и скажите искренне и по существу: будь Вы в моих обстоятельствах, и имели бы Вы за все такие обвинения и беспокойства, хотели бы Вы, чтобы Ваши труды исподтишка и насильно вырывали бы из Ваших рук, передавали в руки Ваших заклятых врагов, печатали без Вашего согласия и при этом — портили, как мои?.. Не страдали ли бы Вы, если бы Ваши враги превратились в Ваших судей? Не вырвали ли бы Вы Вашу книгу из их рук, не доверяя им более, и не опубликовали ли бы Вы собственную работу скорее за свой собственный счёт, вместо того, чтобы видеть её испорченной, а себя — страдающим под градом насмешек… Я напечатаю это за свой собственный счёт на лучшей бумаге и лучшим шрифтом, чем те, которые использует теперешний печатник. Я не могу видеть, как мои труды портят таким образом».
Сделать это ему, однако, было непросто, ибо рукопись была уже в руках Ньютона, который дал указание продолжать издание. В начале 1712 года «Небесная история» вышла из печати — большой том in folio, содержащий каталог постоянных звёзд. Вычисление положений звёзд произвёл по наблюдениям Флемстида Галлей. Каталог содержал три тысячи звёзд. По сравнению с лучшим предыдущим каталогом — атласом Гевелия — в нём было втрое больше звёзд, причём координаты их даны с немыслимой ранее точностью. «Небесная история» вполне отражает цели, поставленные перед её изданием Ньютоном. В ней содержится только то, что было нужно для второго издания «Начал». Предисловие Флемстида («Пролегомоны») не напечатано. Вместо этого Галлеем дано другое предисловие, в котором говорится, что Флемстид не хотел отдавать данных своих измерений и сделал это лишь по приказу принца Георга и требованию экспертов. В предисловии нет ни слова о том, что точность каталога превосходит точность всех ранее имевшихся более чем в десять раз. Зато напрямую сказано, что, к сожалению, Галлею пришлось исправлять многие ошибки Флемстида. В предисловии Флемстид осуждался также и за то, что отсутствуют карты созвездий.
В то время Ньютон уже заканчивал второе издание «Начал». Нечего и говорить, что фамилия Флемстида из этого издания вычеркнута по крайней мере в семнадцати местах.
Но и этого ему показалось мало. Ньютон решил назначить в Королевском обществе слушание вопроса о состоянии дел в Гринвичской обсерватории. Комиссия стала предъявлять к Флемстиду различного рода требования, часто носящие весьма унизительный характер. На одно из заседаний совета Флемстид был вызван для отчёта о том, как он хранит инструменты обсерватории, насколько они пригодны для наблюдений и кто является их хозяином. Всё это было и комиссии, и лично Ньютону прекрасно известно.
11 октября 1711 года в 11 часов утра Слоан, Мид и сам Ньютон ждали Флемстида в Королевском обществе с отчётом. Вскоре пришёл Флемстид. Сказать «пришёл» было бы, впрочем, пожалуй, слишком сильно, поскольку ходить он теперь не мог — подагра сжирала его ноги. Слуги внесли его по лестнице. Флемстид — снедаемый болезнями, стоящий буквально на пороге смерти — оставался непокорённым. В ответ на вопросы комиссии о состоянии инструментов он сказал, что инструменты являются его личной собственностью и поэтому не дело Королевского общества обсуждать их состояние.
После заседания комиссии Флемстид записал в своём дневнике: «Я был вызван в комитет, в котором, кроме него, были только два врача — доктор Слоан и другой, столь же малосведущий. Президент чрезвычайно разгорячился и пришёл в совсем нечестивое возбуждение. Я решил, однако, не обращать внимания на его грубые речи и указал ему, что все инструменты в обсерватории — мои собственные. Это его рассердило, так как у него было письмо от государственного секретаря о назначении кураторов обсерватории; он сказал, что у меня не будет ни обсерватории, ни инструментов. Тогда я стал жаловаться на то, что мой каталог печатается Райнаром (Галлеем) без моего ведома и у меня похитили плоды моего труда. Он разъярился ещё больше и обзывал меня самыми скверными словами — щенком и пр., какие только мог придумать. Я ему ответил, что ему нужно бы сдерживать свою страсть и владеть собой».
Комиссия решила, что приборы обсерватории нуждаются в ремонте. Для Флемстида такой поворот дела оказался, однако, весьма благоприятным. Он обратился в артиллерийское управление, которому было поручено произвести ремонт, с просьбой блокировать это решение. Управление помещалось в Тауэре, лейтенант которого, будучи в давней вражде с Ньютоном, с удовольствием выполнил просьбу Флемстида. Это знаменовало некоторый поворот в судьбе Флемстида, поворот к лучшему.
В том году умерла королева, сменилось правительство, у власти стали виги, но без Галифакса, который умер летом 1715 года. Ньютон лишился сразу своей главной опоры в правительстве и при дворе.