Бентли в это время приходилось туго. В Тринити его стали называть: «Прощай, мир в Тринити-колледже». Его деспотичное правление, его очевидная для всех жадность сплотили противников, которые подали генеральному инспектору Тринити-колледжа доктору Муру жалобу на него, состоящую из 54 обвинений!
Вот лишь одно из них:
«Почему расточали Вы в течение многих лет хлеб, эль, пиво, уголь, дрова, торф, камыш и древесный уголь, верёвки, оловянную посуду, рожь, пшеничную муку, солонину, отруби колледжа? Почему — после того, как Вы лживыми низкими приёмами, а также угрозами уполномоченным двора вызвать ревизию и т. п., а в иных случаях хвастовством своим великим влиянием и связями, тем, что Вы гений столетия, а также необычайным, которое Вы хотите сделать для колледжа вообще и для каждого его члена в частности, обещанием далее в будущем жить в мире и не выставлять никаких дальнейших требований, заставили членов Совета разрешить для Вашей служебной квартиры несколько сотен фунтов — более того, нежели члены раньше предполагали и соглашались — к чрезвычайному неудовольствию колледжа, к удивлению всего университета и всех, кто об этом слышал, — почему после всего этого Вы в ближайшем же году, приблизительно в то же время, потребовали от них, исключительно для удовлетворения Вашего тщеславия, постройки новой лестницы в Вашей квартире? Почему пользовались Вы бранными словами и оборотами по отношению к некоторым из членов, в частности, когда вы господина Идена назвали ослом, господина Рэшли собакой, а господину Коку заявили, что он умрёт на виселице?»
Дело было не в этом пункте обвинений и не в остальных пятидесяти трёх. Бентли хотели убрать за его поддержку новой физики, за его религиозное свободомыслие. Но свалить Бентли было не так просто. Он имел сильные связи во дворе и в лагере тори. До конца своей жизни — а умер он в 1742 году — он не мытьём, так катаньем оставался в должности мастера Тринити, несмотря на многочисленные судебные и церковные постановления о его увольнении.
Бентли был неоднозначной фигурой — он был умным, образованным и в каком-то смысле смелым и прогрессивным человеком. Его перу принадлежат исследования о предполагаемых письмах Фемистокла, Сократа, Еврипида и баснях Эзопа (Бентли доказал их подложность), блестящие критические эссе по пьесам Аристофана. Но он издавал и Мильтона — пуританина и арианца, оплакивающего падение республики индепендентов, и Ньютона, подменяющего бога природой.
К середине апреля 1710 года Котс дошёл до второй книги, и тут работа застопорилась: Котс столкнулся там с пресловутыми проблемами движения тел в жидкой среде. Многое ему тут было непонятно, и во многом он видел неточности и даже прямые ошибки. Между Ньютоном и им завязалась по этому поводу оживлённая переписка. Ньютон принял многие из серьёзных возражений Котса. Такого не случалось с ним уже много лет. Ньютон был вынужден вновь и вновь, теперь уже с трудом, погружаться в свои старые вычисления и идеи. К концу он взмолился:
15 июня 1711 года
«Не тревожьтесь о проверке всех вычислений в «Поучении»… подобные ошибки не зависят от неправильного способа размышления, не приведут к большим последствиям; они могут быть исправлены самими читателями».
Ньютон, вынужденный из-за возражений Котса всё-таки тряхнуть стариной и засесть за эксперименты, сразу же обнаружил интереснейшее явление — гидродинамическое сжатие струи, сделав крупное открытие в гидродинамике. Как оказалось, именно это явление и вызывало ошибку, смущавшую Котса. Новая теория согласовывалась теперь с тринадцатью другими экспериментами. Издание «Начал» могло продолжаться.
Ньютон и радовался, и негодовал. Он видел, что его, старика, ведёт молодой и талантливый коллега. Он с особым рвением и тщательностью просматривал страницы, уже исправленные Котсом, и, если замечал в них оплошность, ликовал. Он тут же посылал Роджеру язвительные письма, причём отношение Ньютона к Котсу из-за этих ошибок только улучшалось. К сожалению, Котс делал слишком мало ошибок.
Главная работа, впрочем, была ещё впереди, при подготовке к печати третьей части. Именно здесь Ньютоном были поставлены принципиальные вопросы о природе тяготения. Именно здесь содержались формулировки материи, пространства, движения, сил, массы и даже самого метода научного исследования.
Переписывая книгу, Ньютон остаётся верен себе. Он чужд великодушия по отношению к своим старым и новым соперникам. Он начисто исключил благодарственные слова в адрес Флемстида; там, где раньше были цветистые похвалы, темнели теперь зловещие пустоты. Он жёстко обошёлся и с Лейбницем, ещё более умалив его значение в создании исчисления.