Перерабатывая текст, Ньютон помнил о том, что главная претензия его оппонентов — это непонятность закона всемирного тяготения. Идея тяготения была, конечно, совершенно необоснованной. Ньютон просто перешагнул через объяснение тяготения, сделав важнейший и неизбежный методологический шаг, на который никто не решался, но без которого немыслимо было дальнейшее развитие науки. Он ничего не говорил о природе тяготения. Он принял её как данное. Более того, Ньютон старательно избегает вопроса о причинах тяготения, выдвинув лозунг: «Не измышляю гипотез». Это было его гениальной находкой, но и наиболее уязвимой точкой книги, поскольку в научных трудах того времени, прежде чем делать математические выкладки, следовало ясно и точно изложить и доказать исходные принципы, как это делал, например, Декарт. Не делая этого, Ньютон как бы ставил свою физику вне общепринятой физики того времени, вне науки, вне признанного метода, которым руководствовались все крупнейшие учёные того времени. Многим, слишком многим были чужды стиль, метод и доказательные схемы «Начал». Ньютон хотел бы сделать их более доступными, более приемлемыми для научного круга, однако не мог и изменить себе.
Но, может быть, главное, чего боялся Ньютон и при первом издании, и сейчас, — это упрёков в безбожии. Лейбниц прямо говорил о том, что в философии Ньютона бог фактически не нужен. Вот главное, на что обратил внимание Ньютон при исправлении текста третьей книги, — то главное, что должен был понять и осознать Котс.
Котс воспринимал как нечаянную радость предоставляющуюся ему возможность сотворчества с великим человеком. Он строил уже далёкие планы.
26 апреля 1712 года
«Я был рад узнать от доктора Бентли, что у вас есть идея добавить к этой книге небольшой трактат о бесконечных рядах и о методе флюксий. Мне этот замысел очень нравится, но я хотел бы просить Вас разрешить сделать другое предложение. Когда работа над этой книгой окончится, я хотел бы настойчиво просить Вас пересмотреть Вашу «Алгебру» с тем, чтобы улучшить её и добавить туда те вещи, которые уже опубликованы мистером Джонсом и которые есть у Вас… Ваш трактат о кубических уравнениях и кривых третьего порядка должен быть тоже переиздан, поскольку я думаю, что вычисления там не вполне совершенны, и, как я полагаю, должно быть пять типов уравнений… Мне кажется, есть и ещё кое-какие другие детали, упущенные в Вашем трактате».
Свидетельством того, что Котс явно перехватил и сильно переоценивал способность уже пожилого Ньютона вновь окунуться в алгебраические дебри, была краткая записка Ньютона.
23 сентября 1712 года
«…Мне кажется, публика может проглотить это так, как есть сейчас».
Да, Котс позволял себе слишком многое. И отношение к нему Ньютона постепенно менялось.
В книге третьей, теперь преобразившейся, отражены выкристаллизовавшиеся теперь взгляды Ньютона на природу научного исследования. Она открывалась теперь провозглашением философских принципов и новых правил рассуждения в физике. В первом издании было девять «Гипотез». Сейчас они видоизменились. Часть их попала в «Правила умозаключений в физике», часть перешла в «Гипотезы» и «Явления».
Он твёрдо различал теперь эти понятия.
Книгу открывают Regulae philosophandi, или «Правила умозаключений в физике:
Правила, как видим, бьют по схоластической традиции, понуждая везде искать причины. Они направлены против скрытых качеств и сущностей, то есть прямо против того, в чём обвиняли самого Ньютона, приписывая тяготению статус нового «скрытого качества».