Начинается война. Первый бой у Мосула крайне жесток. Искендеру едва удается спастись от яростного натиска Дары. Искендер начинает опасаться за исход войны. Но в это время к нему тайно приходят два иранских полководца и предлагают убить своего шаха, если Искендер обещает им за это награду. Герой не верит, что они могут решиться на такое дело, но согласие все же дает. Поэт указывает, почему он решился на это:
Можно думать, что у Искендера мелькает мысль о возможности избежать таким путем липшего кровопролития, то есть им двигает тот же мотив, как и во время войны с зинджами.
Во время второго боя полководцы приводят в осуществление свой план и спешат к Искендеру, требуя обещанной награды. Он приказывает схватить их, а сам устремляется к смертельно раненному Даре. Беседа умирающего с победителем — одно из эффектнейших мест поэмы.
Речи Дары дышат яростью, обостренной сознанием своего бессилия. Это рычание умирающего льва. Лишь с громадным трудом Искендеру удается немного успокоить повергнутого вирах владыку. Дара перед смертью обращается к победителю с тремя просьбами: отомстить его убийцам, не притеснять иранскую знать и жениться на его дочери Роушенек, Иекендер выполняет все это.
Характерно, что, вызвав Ферибурза, он спрашивает старика, почему тот не отговорил своего повелителя от этой безумной войны. Полководец объясняет, что Дара по гордыне своей не захотел слушать разумного совета. Он обращается к Искендеру с большой речью, указывая, как ему надлежит поступить с иранской знатью. Шах отпускает его, осыпав щедрыми дарами.
Завоевав иранский престол, Искендер прежде всего приступает к разрушению всех зороастрийских храмов. Здесь Низами пользуется старыми иранскими преданиями, но с его точки зрения это — доброе дело, ибо Искендер искореняет ложную веру, расчищая место для веры истинной. Затем он восстанавливает порядок в стране, которая притеснениями Дары была совершенно разорена и истерзана. Здесь поэт опять дает картину, явно отражающую разорение, наблюдавшееся им лично в его дни. Завершается эпизод браком Искендера с Роушенек и восшествием его на престол в Истахре. Молодую жену он отправляет с Аристотелем в Грецию. С ними вместе посылают туда и все научные книги, которые Искендер нашел в библиотеке иранских царей.
После небольшого вставного эпизода, повествующего о посещении Искандером Ка'бы в Мекке (такой анахронизм был уже и у Фирдоуси), действие переносится в Азербайджан. Начинается третий раздел: встреча Искендера с царицей Нушабэ. Эпизод этот восходит к двум главам Псевдо-Каллисфена: встреча с царицей Кандакэ и война с амазонками. Низами сознательно слил эти эпизоды в одно целое. Нушабэ — Кандакэ у него царица Берда'а — того самого города, который поэт воспел уже в своей второй поэме. Он говорит, что Берда'а в древности называлась Харум (название страны амазонок у Фирдоуси); (подчеркивает также, что во дворец Нушабэ мужчины доступа не имели, и дворец обслуживали только девушки. Нушабэ дни проводит в забавах и развлечениях, а по ночам предается служению богу. Искендер едет к Нушабэ переодетым, выдавая себя за Посла македонского царя. Здесь опять поэт показывает свое тонкое знание психологии. Хотя Нушабэ и окружена царственной роскошью, но вся эта пышность повелителя Востока и Зайада смутить, конечно, не может. Искендер входит во дворец смело, как «гуляющий лев». Не привыкнув унижаться, он забывает снять меч; подойдя к трону царицы, не склоняется до земли. Это необычное для посла поведение заставляет Нушабэ заподозрить, что перед нею не просто посол. У царицы был уже давно тайно заготовленный портрет Искендера. Она велит принести его и убеждается, что сам повелитель находится в ее дворце. Увидев проницательность Нушабэ, Искендер смиряется и предлагает покончить дело миром. Нушабэ устраивает роскошный пир. Всем подносят изысканные яства, а перед Искендером ставят только золотые чаши, наполненные драгоценными камнями. Искендер говорит царице, что все это несъедобно. Нушабэ отвечает: «Зачем же тогда ты ведешь войны из-за богатства, зачем гордиться тем, из чего нельзя приготовить пищи?» Искендер признает, что упрек правилен, но, в свою очередь, указывает, что тогда незачем украшать дворец с такой пышностью. Мы видим, что Искендер, в понимании Низами, все это время воевал вовсе не ради обогащения. Эпизод этот введен ради поучения венценосцам и предостережения их.