Располагал «Ваффен СС Ягдфербанд» и филиалами – «Ягдфербанд Ост» (истребительное соединение Восток), «Ягдфербанд Вест» (Запад), «Ягдфербанд Зюйд-Ост» (Юго-Восток), «Ягдфербанд Норд» (Север) и «Ягдфербанд Зюйд» (Юг). Они имели общее название – «истребительное соединение», а их главная задача заключалась в диверсионно-разведывательной и подрывной работе на тех или иных участках Восточного и Западного фронтов. Наиболее активным из них было «Истребительное соединение Восток», в составе которого, кроме штаба, находилось три роты специального назначения и несколько диверсионных групп. Каждое подразделение специализировалось на определенном направлении деятельности: в тыловых районах Красной Армии; на линии фронта; против партизан; разведка и диверсии с участием УПА и др. На базе диверсионных групп (каждая численностью до 20 личного состава), осуществлялась индивидуальная подготовка небольших (2–4 человека) диверсионно-террористических формирований, которые после завершения обучения сразу же перебрасывались в советский тыл.
Для обучения профессиональных агентов и диверсантов по инициативе Скорцени в конце 1944 г. работу начала и диверсионно-террористическая школа, получившая название, аналогичное «истребительному соединению войск СС Восток». Ее главной задачей стала подготовка диверсионных групп для действий на железнодорожных путях сообщения в районе Витебска, Смоленска, Минска и Бобруйска. Здесь же обучали и террористов экстра-класса. Их усилия планировалось применить против высшего командного состава Красной Армии. Одновременно обучение в школе проходили 200 человек, из них 100 украинцев, которых готовили в качестве боевых киллеров.
При участии штаба Скорцени подготовку проходили группы и отдельные агенты для длительного оседания в послевоенное время. В этом особенно преуспела созданная в августе 1944 г. в Латвии организация «Межа Кати» («Дикая кошка»), сформированная из отдельных диверсионно-террористических отрядов по принципу землячества. Их ряды пополнялись личным составом из латышских дивизий СС, полицейскими, членами националистической организации «Айзсарги» и т. д. Заложив с помощью немцев в лесах тайники различных припасов и оружия, «Дикая кошка» (свыше тысячи человек), послужила фундаментом для подрывных действий «лесных братьев» в Прибалтике после окончания войны.
Без пристального внимания Гиммлера и его окружения не остались ОУН и УПА. Покидая Украину, при посредничестве РСХА части Вермахта оставили для упистов вооружения и снаряжения из расчета на три армейские дивизии. Тогда же украинские националисты развернули масштабную боевую и диверсионно-разведывательную деятельность в тылу действующей Красной Армии. Связи с верхушкой ОУН и УПА Гиммлер и Кальтенбруннер укрепляли при активном участии Отто Скорцени. Одним из исполнителей их замыслов стал руководитель «Абверкоманды 202» гауптман Кирн (в других источниках – Керн).