с 7 августа 1940 г. до 28 марта 1941 г. начальником УНКВД Аккерманской (Измаильской) области работал бывший заместитель начальника УНКВД Тарнопольской области А.М. Седов;
с 7 августа 1940 г. до 28 марта 1941 г. начальником УНКВД Черновицкой области работал бывший начальник УНКВД Житомирской области А.Н. Мартынов.
С 7 августа 1940 г. до 26 февраля 1941 г. наркомом внутренних дел Молдавской ССР работал бывший начальник УНКВД Молотовской области Н.С. Сазыкин.
11 сентября 1940 г. Л.П. Берия подписал приказ НКВД СССР № 1268, которым наркомами внутренних дел Республик Прибалтики были назначены бывшие политзаключенные буржуазных Латвии, Литвы и Эстонии:
Новик Альфонс Андреевич—народным комиссаром внутренних дел Латвийской ССР;
Гузявичюс Александр Августович — народным комиссаром внутренних дел Литовской ССР;
Кумм Борис Ганцевич — народным комиссаром внутренних дел Эстонской ССР.
Этим же приказом заместителями народных комиссаров были назначены:
бывший заместитель начальника 4 отдела ГЭУ НКВД СССР СМ. Шустин — первым заместителем наркома внутренних дел Латвийской ССР;
бывший начальник УНКВД Белостокской области и заместитель наркома внутренних дел БССР П.А. Гладков — первым заместителем наркома внутренних дел Литовской ССР; вторым заместителем наркома был назначен Б.А. Баранаускас;
бывший помощник начальника Следчасти ГУГБ НКВД СССР А.К. Шкурин — первым заместителем наркома внутренних дел Эстонской ССР; вторым заместителем наркома был назначен А.А. Мурро.
Остальные назначения руководящего состава органов НКВД-УНКВД шли как по линии назначения бывших коммунистов-подпольщиков, которые стали чекистами только с приходом советской власти, например, в Прибалтике, так и перевода на работу чекистов, имеющих опыт работы в органах ОГПУ-НКВД в других регионах Советского Союза.
В соответствии со сложившимися к 1939–1940 гг. направлениями работы органов внутренних дел СССР, структура вновь образованных НКВД-УНКВД была следующей: руководство НКВД-УНКВД; секретариат; партком; мобинспекция и штаб МПВО;
аппарат УГБ: 1 отдел-отделение (охрана руководителей партии и правительства республики, администрации области); 2 отдел (секретно-политический); 3 отдел (контрразведывательный); 5 отдел (работа за кордоном); 7 отдел-отделение (шифровально-дешифровальный, охрана гостайн, ВЧ-связь); ЭКУ-ЭКО; 3-е транспортное управление-отдел; Водный отдел; Следственная часть НКВД-УНКВД; 1 спецотдел (учетно-архивный); 2 спецотдел (опертехники); 3 спецотдел(обыски, аресты, наружное наблюдение); Отдел кадров; аппарат Особоуполномоченного; Финансовый отдел; АХО;
управления-отделы вне УГБ: УРКМ; Тюремный отдел; ДТО; ОАГС; УПО-ОПО; УШОСДОР-ОШОСДОР; Архивный отдел; ОИТК.
Направления работы 2 и 3 отделов УГБ (на примере НКВД Украинской ССР по утвержденным 15 мая 1940 г. штатам) были следующими:
руководство: (начальник отдела — 1, заместители начальника отдела — 2) — 3 человека;
секретариат отдела (11 человек);
1-е отделение (10 человек) — троцкисты, правые, зиновьевцы, бывшие члены ВКП(б) и комсомола;
2-е отделение (9) — украинские антисоветские политические партии и организации;
3-е отделение (9) — русские и польские антисоветские политические партии и организации, сионисты и другие;
4-е отделение (6) — церковники и сектанты;
5-е отделение (5) — «бывшие люди» (бывшие фабриканты, помещики, торговцы, чиновники), провокаторы, полицейские, монархисты, кадеты, белоказачество;
6-е отделение (7) — Академия наук, НИИ, писатели, артисты, художники, издательства, политконтроль, киностудии;
7-е отделение (7) — молодежь, органы народного образования, учебные заведения, спортивные организации;
8-е отделение (7) — советские и профсоюзные учреждения, органы здравоохранения;
9-е отделение (7) — военизированные организации;
10-е отделение (5) — опертехника и учет.
руководство (начальник — 1 человек, заместители начальника отдела — 2 человека) — 3 человека;
секретариат отдела (10);
1-е отделение (10) — польское;
2-е отделение (9) — немецкое;
3-е отделение (7) — румынское;
4-е отделение (9) — разный шпионаж;
5-е отделение (10) — украинская и белая контрреволюция;
группа опертехники и учета (2).
В структуре 3-х отделов УГБ вновь организованных НКВД-УНКВД 3 отделения занимались борьбой с политическим бандитизмом (таких отделений не было только в Латвии и Эстонии). В составе отделов-отделений уголовного розыска (ОУРЗ) УРКМ НКВД-УНКВД 1-е отделения также занимались борьбой с бандитизмом, только с уголовным.
26 декабря 1940 г. председатель Совета Народных Комиссаров СССР В.М. Молотов подписал Постановление № 2631-1204сс «Об установлении численности органов
НКВД по Литовской, Латвийской и Эстонской ССР», которым была утверждена численность: сотрудников оперативно-чекистских аппаратов и тюрем НКВД в количестве 4872 единиц; рабоче-крестьянской милиции в количестве 8703 единиц; сотрудников отделов записи актов гражданского состояния в количестве 132 единиц.