Главное управление «Омакайтсе» состояло из нижеследующих четырех отделов:
В задачи отдела входило руководство вопросами оперативно-учебного характера.
Отдел состоял из 4-х отделений.
1 отделение (оперативное), начальник отделения и зам. нач. отдела капитан Киидла, зам. нач. отделения лейтенант Хенносте (позже — начальник отделения лейтенант Хенносте, зам. нач. ст. лейтенант Роземанус). Офицер связи при немецкой дивизии в городе Тарту капитан Яксон (позже капитан Кругвель).
2 отделение (учебно-воспитательное), начальник отделения капитан Хинт.
3 отделение (учетное), начальник отделения капитан Кийдла, зам. нач. лейтенант Вески (с мая 1944 г. начальник отделения майор Тулнола, зам. нач. Нурмисту).
4 отделение (канцелярия и секретная переписка), начальник отделения капитан Виттинг.
1 отделение (денежного учета), начальник отделения Пиэвере.
2 отделение (вещевого и продовольственного снабжения), начальник отделения капитан Пэрк, зам. нач. отделения капитан Рандмера.
3 отделение (вооружения), начальник отделения Клемени. Второй отдел имел оружейную, сапожную и портняжную мастерские.
1 отделение (учет командного состава и ведение личных дел до взводных командиров включительно), начальник отделения лейтенант Утсал, позже лейтенант Аукси и лейтенант Наэль, зам. нач. отделения Гентален.
2 отделение (канцелярия и секретная переписка), начальник отделения майор Кескюль.
3 отделение (юридическое), начальник отделения подполковник Егевеу.
4 отделение (историко-архивное), начальник отделения майор Тулнола (до мая 1944 г.).
5 отделение (библиотека), начальник отделения подполковник Лиивола.
Уездных территориальных полков «Омакайтсе», именуемых по-эстонски «Малев» (дружина), было 13. Рабочим органом полка (Малев) являлся штаб, который состоял из 4-х отделений:
Первое отделение (оперативно-учебное) со штатом 5-ти единиц.
Второе отделение (административное) 7–8 единиц.
Третье отделение (хозяйственное) 20 единиц.
Четвертое отделение (медицинское) со штатом 2–3 единицы. Полки были построены побатальонно (в зависимости от общего числа членов организации). Число рот в батальонах равнялось в общем 3–5. Личный состав в ротах комплектовался до 1944 г. добровольцами, а с 1944 г. пополнялся по выбору командиров рот и батальонов из общего числа населения в порядке внутренней принудительной мобилизации. Это обстоятельство повысило число членов «Омакайтсе» и все роты были доведены до штатного состава.
1. Полк «Омакайтсе» в уезде Харьюмаа, командир майор Ляяэне, начальник штаба ст. лейтенант Кассору. По численности одна из самых больших уездных организаций.
2. Полк «Омакайтсе» в городе Таллин, командир полковник Пауль, начальник штаба подполковник Виилип. По общей численности членов — наименьшая уездная организация.
3. Полк «Омакайтсе» в уезде Вирумаа, командир капитан Воска. Штаб помещался в городе Раквере.
4. Полк «Омакайтсе» в городе и уезде Нарва, командир майор Рубах (в последнее время командир майор Ляэнет). Организация была ликвидирована в конце 1943 г.
5. Полк «Омакайтсе» в уезде Тартумаа, командир подполковник Янсон (в последнее время — подполковник Унт). По численности — наибольшая уездная организация.
6. Полк «Омакайтсе» в уезде Вырумаа, командир в 1943 г. капитан Салуэме (в последнее время капитан Тиивиль).
7. Полк «Омакайтсе» в уезде Петсеримаа, командир Педак (в последнее время подполковник Сааль).
8. Полк «Омакайтсе» в уезде Валгамаа, командир майор Сандер.
9. Полк «Омакайтсе» в уезде Пярнумаа, командир майор Лиллелехт (в последнее время майор Эленд).
10. Полк «Омакайтсе» в уезде Вильяндимаа, командир майор Пори.
11. Полк «Омакайтсе» в уезде Лянемаа, командир майор Киргма.
12. Полк «Омакайтсе» в уезде Сааремаа (на островах Балтийского моря), штаб находился в городе Куресаре, командир капитан Кангро.
13. Полк «Омакайтсе» в уезде Ярвамаа, командир майор Ягунд.
Кроме названных территориальных полков, был сформирован один полк «береговой охраны» (от Рижского залива до Нарвской бухты), две роты «вспомогательной полиции» для пограничной охраны по реке Нарва и три отдельных пограничных батальона на участке Васкнарва — Пейпсиярви (Чудское озеро) до Лаура. Но эти части в марте или апреле 1942 г. были ликвидированы и их функции были возложены на соответствующие территориальные полки и специальные немецкие части.