О структуре уездных организаций «Омакайтсе» арестованный Главнокомандующий вооруженными силами нового эстонского национального правительства, заместитель начальника Главного управления «Омакайтсе» полковник Майде Ян Юганович показал: «Всего было организовано 13 уездных полков, которые в оперативном отношении были подчинены немецким полевым комендантам, последние контролировали состав и прохождение обучения» (протокол допроса от 25 октября 1944 г.).
Об этом же арестованный командир полка «Омакайтсе» города Таллин подполковник Виилип Артур Янович в своих показаниях пишет: «Личный состав 13 уездных территориальных полков „Омакайтсе“ до 1944 г. комплектовался за счет добровольцев и с 1944 г. согласно инструкции Главного управления „Омакайтсе“ пополнялся по выбору командиров рот и батальонов из общего числа населения». И дальше: «Батальоном командовал офицер с установленным окладом жалованья, ближайшим помощником был адъютант» (протокол допроса от 19 октября 1944 г.).
Эти данные подтверждает и арестованный бывший заместитель командира полка Красной Армии изменник Родины начальник историко-архивного отделения Главного управления «Омакайтсе» майор Тулнола Хейнго Янович: «К концу 1941 г. было организовано 13 уездных территориальных полков. Сверх названных территориальных полков были сформированы: полк „береговой охраны“, две роты вспомогательной полиции и три отдельных батальона пограничной стражи. Каждый полк подчинялся во всех отношениях непосредственно немецкому полевому коменданту. Самыми крупными полками были полки в Харьюмаа, Вирумаа и Тартумаа. Для руководства полком командир полка имел штаб, в составе которого были начальники отделений по оперативной, административной и хозяйственной частям, кроме того: начальники служб связи, саперного дела и противохимической обороны. В крупных полках Харьюмаа, Вирумаа, Тартумаа были начальники штабов» (протокол допроса от 9 октября 1944 г.).
Все начальники штабов полков, начальники оперативных отделений и их помощники — офицеры. Командирами батальонов были все офицеры в званиях от мл. лейтенанта до майора. Ротами командовали ротные командиры, из которых большинство были офицеры. В одной трети части всех рот были и старшины.
Командный состав «Омакайтсе» получал зарплату по окладам, утвержденным немецким военным интендантством. Рядовые члены «Омакайтсе» установленных Окладов зарплаты не имели и вознаграждались в каждом отдельном случае при выполнении задач.
Для вступления в члены «Омакайтсе» требовалось представление специальной анкеты, подписанной вступающим и двумя поручителями членами «Омакайтсе». Возраст члена «Омакайтсе» установлен с 17 до 60 лет.
Основной целью полков организации «Омакайтсе» было обеспечение тыла немцев в их борьбе против Советского Союза и, как следствие этого, немецким военным командованием в Эстонии полкам «Омакайтсе» были поставлены нижеследующие главные задачи:
1. Вести борьбу на территории ЭССР против советских властей и проводить систематические обыски в сельских местностях, облавы и прочески лесных массивов и болот.
2. Охранять лагеря военнопленных и конвоировать последних.
3. Охранять железнодорожные и шоссейные мосты, склады, учреждения, водокачки, электростанции, заводы и другие объекты по уставу караульной службы немецкой армии.
4. Нести охрану побережья Финского залива и Чудского озера.
5. Наблюдать за населением, подозреваемым в сочувствии Красной Армии, и арестовывать подозреваемых в содействии Советскому Союзу.
6. Конвоировать арестованных.
7. Разыскивать и задерживать советских военнопленных, бежавших из лагерей.
8. Оказывать помощь немецким войскам в проведении мобилизации эстонских граждан в немецкую армию.
9. Разыскивать и задерживать дезертиров немецкой армии и эстонцев, скрывающихся от мобилизации в немецкую армию.
10. Сопровождать и охранять граждан, насильственно угнанных немцами из других областей Советского Союза.
11. Активно участвовать в боях против Красной Армии.
Кроме указанных функций, полки «Омакайтсе» приводили в исполнение смертные приговоры по решению немецких судов над советскими партизанами и парашютистами.
Арестованный изменник Родины начальник архивного отделения «Омакайтсе» майор Тулноло Х.Я. в подтверждение сказанного пишет: «Полки исполняли эти задачи, в ежеутренних сводках о происшествиях из полков говорилось часто о задержании бежавших военнопленных, дезертиров-эстонцев, о стычках с партизанами, о расстреле партизан, дезертиров, военнопленных. Об облавах на партизан и дезертиров полки представляли детальные описания о ходе событий. Отдельные части „Омакайтсе“ имели тяжелые потери в борьбе с советскими партизанами. В августе месяце 1944 г., когда немцы были уже оттеснены в глубь ЭССР, из полков „Омакайтсе“ Вырумаа, Тартумаа, Валгамаа, Ярвамаа, Лянемаа и Вирумаа было сформировано 14 батальонов и отправлено на фронт против Красной Армии в районы Ехви к берегу Пейисиярве, по реке Эмаеги, берегу Вирцярви и под город Валга» (протокол допроса от 9 октября 1944 г.).