В связи с переходом на новый порядок подчинения состоялось 14 января 1942 г. в Таллине в Зеленом зале «Эстонии» собрание префектов и руководителей «Омакайтсе», на котором командир немецкой полиции порядка полицейский подполковник Шаллерт дал инструкции для организации и дальнейшей деятельности «Омакайтсе».
Образовавшаяся к 1 января 1942 г. структура и состав «Омакайтсе» оставались в силе до 1 марта 1942 г. Так как они были сформированы руководителями «Омакайтсе» начиная с 1941 г. и утверждены или одобрены местными немецкими военными начальниками, то Управление полиции и «Омакайтсе» приняло их временно как основу при денежных издержках. Новые штаты были, однако, утверждены директором внутренних дел О. Ангелусом 21 января 1942 г., но те считали действительными лишь считая с 1 марта 1942 г.
На основании приказа руководителя полиции и «Омакайтсе» подполковника Э. Рейсаара от 16 января 1942 г. от «Омакайтсе» Харью-Ляэне отделилось «Омакайтсе» Ляэнемаа, считая с 20-го января. Последнее было реставрировано в той же структуре, каковая была образована перед слиянием, за исключением 6 района (Хийумаа), который был ликвидирован. Начиная с 1 апреля 1942 г. формировалось и в Хийумаа снова добровольное «Омакайтсе», и это было дано в подчинение руководителю «Омакайтсе» Ляэнемаа в виде 5-го района, между тем как один район (Кулламаа) до того времени был сокращен. Руководителем «Омакайтсе» Ляэнемаа 21 февраля был назначен майор Аугуст Кыргма, считая с 21 февраля. Последний явился на место 2 марта. В промежуточное время действовал руководителем «Омакайтсе» младший лейтенант запаса А. Тальвар.
Введение эстонского «Омакайтсе» в подчинение командиру полиции порядка изменило положение в части Сааремаа. Возникла необходимость сформировать там снова «Омакайтсе». Для разрешения местного положения и предварительных работ к формированию на место выехал руководитель полиции и «Омакайтсе» подполковник Э. Рейсаар, который находился в Куресааре с 18 до 20 февраля 1942 г. После того, как формирование снова определенно было закончено, руководителем «Омакайтсе» Сааремаа был назначен капитан Петер Кангро из штаба «Омакайтсе» Таллин-Нымме, Капитан П. Кангро приступил начиная с 25 февраля к исполнению своих обязанностей, и с того срока можно считать начало снова формирования «Омакайтсе». К 11 марта успели с работами по формированию так далеко, что «Омакайтсе» приняло охраняемые объекты и приступило к несению караульной службы.
Также и вторичное формирование «Омакайтсе» Сааремаа началось, т<ак> сказать, «голыми руками», так как имущество ликвидированного «Омакайтсе» было в промежуточный срок передано в распоряжение других учреждений. С приветливым содействием коменданта были преодолены многие трудности. Оружие и боеприпасы для самых острых необходимостей были получены по распоряжению командира полиции порядка от охранного батальона. Вскоре были преодолены крупнейшие трудности и деятельность «Омакайтсе» развивалась успешно.
В январе 1942 г. поднялся в акутном виде вопрос о закрытии бывшей восточной границы Эстонии, для чего предполагалось формировать зарплатные части «Омакайтсе». Начиная с 20 ноября 1941 г. исполнял задачи по закрытию границы на западном берегу Псковского озера от бывшей эстонско-русской границы до Выыпсу отдельный батальон из «Омакайтсе» Петсери. По западному и северному берегам озера Пейпси и на линии реки Нарва исполняли эти задачи в большинстве части «Омакайтсе», которые были пополнены командой охранного батальона и двух рот вспомогательной полиции Нарвы.
21 января 1942 г. были утверждены директором внутренних дел штаты управления пограничной «Омакайтсе» и четырех отдельных батальонов пограничной «Омакайтсе». Поименованные штаты вступили в силу начиная с 1 февраля 1942 г., с какого времени и началось комплектование управления пограничной «Омакайтсе». С этого же времени переименовали Отдельные батальоны «Омакайтсе» из Нарвы, Тарту и Петсери по порядку в 1-й, 2-й и 3-й отдельные батальоны пограничной «Омакайтсе», а 2-й отдельный батальон «Омакайтсе» Тарту — в 4-й отдельный батальон пограничной «Омакайтсе».
Управление пограничного «Омакайтсе» было укомплектовано из офицеров бывшей эстонской пограничной стражи. Руководитель — полковник И. Пауль, заместитель руководителя — подполковник А. Вийлип, начальники отделений: капитан А. Вытинг и капитан И. Тали, адъютант лейтенант П. Аукси. Командиром 1-го отдельного батальона был назначен майор Э. Кукесте, командиром 2-го отдельного батальона — майор П. Пладо и командиром 3-го батальона — подполковник И. Лабидас.