К концу 1944 г. основные крупные вооруженные формирования УПА (курени, сотни) были разгромлены. Большинство уцелевших, разбившись на мелкие группы, рассеялись по селам. Оуновцы укрывались в подземных укрытиях и периодически нападали на советских активистов и партийно-советских работников. Соответственно была изменена тактика войск НКВД. В отличие от практиковавшихся ранее кратковременных прочесок лесных массивов, населенных пунктов и других мест вероятного нахождения оуновцев стал применяться метод более тщательных проверок. Административный район делился на 10–15 участков по 2–3 села. За участком закреплялась одна рота (80—120 человек). Одновременно по всем участкам начинался обыск всех домов, строений, каждого клочка земли. Главное внимание сосредоточивалось на поисках подземных укрытий под домами, сараями, на огородах и т. д. Такие операции проводились в течение 5–7 дней.
При этом количество убитых националистов сокращалось, а явившихся с повинной значительно возросло (надо, впрочем, иметь в виду, что в докладах НКВД считали вместе как явившихся с повинной участников вооруженных формирований, так и уклонявшихся от призыва в Красную Армию — последних, вероятно, было значительно больше).
17 декабря 1944 г. отрядом УПА численностью до 200 человек был совершен налет на районный центр Дрогобычской области — город Ново-Стрелецк. В качестве ответной меры с 21 по 29 декабря была проведена чекистско-войсковая операция, в результате которой убито 122 и захвачено живыми 355 националистов. Арестовано 43 бандпособника, выселена 141 семья. Взорвано 82 укрытия. Добровольно явилось 347 участников оуновских формирований и уклонявшихся от призыва в Красную армию. К концу проведения операции выездная сессия Военной Коллегии Верховного Суда СССР в городе Ново-Стрелецке приговорила к повешению двух активных оуновцев, принимавших участие в налете на Ново-Стрелецк. Приговор был тут же приведен в исполнение.
Наряду с показательными процессами и казнями участников националистических формирований предпринимались меры к пресечению случаев незаконных действий войск и органов НКВД по отношению к местному населению. Определенную роль здесь сыграло принятое политбюро ЦК КП(б)У 21 марта 1945 г. Постановление «О фактах грубых нарушений советской законности в западных областях Украины» (
12 февраля 1945 г. был обнаружен и убит в бою один из руководителей УПА Клим Савур (Дмитро Клячкивский) (док. № 81).
В ночь на 5 марта 1945 г. специальной группой УНКВД Волынской области, возглавляемой бывшим куренным УПА «Максимом-Вороном», убит начальник штаба УПА Карпович (док. № 87). Привлечение бывших участников национального подполья к операциям по его ликвидации практиковалось достаточно широко и успешно. Так, в январе-феврале 1945 г. в Ровенской области совершила ряд рейдов спецгруппа бывших партизан и легализованных оуновцев численностью в 50 человек. Возглавлял ее бывший командир сотни УПА «Хмара», для проведения агентурной работы в группу был включен работник НКВД. Этой спецгруппой было убито 30 и захвачено живыми 24 участника ОУН-УПА.
Большое количество арестованных вызвало переполнение тюрем в западных областях Украины и Белоруссии. Для решения этой проблемы заместитель наркома внутренних дел СССР С.Н. Круглов и заместитель наркома государственной безопасности СССР Б.З. Кобулов подписали 15 марта 1945 г. совместную директиву № 40/42сс. В ней говорилось: «В целях разгрузки тюрем УССР, БССР часть следственных, арестованных органами НКВД/НКГБ указанных республик из числа бывших немецких ставленников, полицейских, помещиков, участников националистических организаций, лиц, уклоняющихся от службы в Красной Армии и других антисоветских элементов, направляется в лагеря НКВД, расположенные на территории Коми АССР, Архангельской, Свердловской, Кировской и Куйбышевской областей. Окончание следствия по делам этих арестованных возлагается на НКВД/НКГБ, УНКВД/УНКГБ по месту расположения лагерей». Следствие было предписано закончить в двухмесячный срок с момента прибытия арестованных в лагерь, законченные дела направлять в Особое совещание при НКВД СССР.
В апреле 1945 г. широкие чекистско-войсковые операции проводились в Станиславской области. В ходе операции было установлено, что в горно-лесистых районах, прилегающих к Карпатским горам, помимо 2 куреней УПА постоянно находились 9 учебно-запасных сотен. Эти сотни постоянно пополнялись мужчинами со всех западных областей Украины, которые после полуторамесячного обучения отправлялись в действующие сотни и курени (док. № 95). Разгром учебных сотен существенно затруднил комплектование отрядов националистов.