После получения заключения экспертов Комитет в апреле принимает окончательное решение о том, какие именно работы следует подвергнуть специальной экспертизе. В мае это решение доводится до членов Каролинского института, которые обладают правом добавления имен других кандидатов. Именно так и осуществляется процедура отсеивания, посредством которой работы, наиболее полно отвечающие условиям завещания, отбираются для второй более подробной экспертизы. Число кандидатов, которые каждый год доходят до этой стадии проверки, весьма ограничено. Практически, это только те лица, которые рассматриваются при принятии окончательного решения. Количество их меняется год от года в зависимости от полученных номинаций и других обстоятельств.
Окончательное рассмотрение работ поручается экспертам, которые, в большинстве случаев, не являются членами Комитета. Они могут быть сотрудниками Каролинского института, но чаще это специалисты со стороны. В течение лета эксперты подготавливают подробные отчеты, содержащие критическое рассмотрение работ. Особое внимание при этом обращается на приоритет открытия и вопрос о том, является ли данная работа столь важной, чтобы быть удостоенной Нобелевской премии. При этом от эксперта требуется представить веские аргументы в поддержку своего мнения и обоснованно привлечь внимание к особым аспектам рассматриваемого открытия.
В начале прошлого века считалось, что при помощи экспертной процедуры или экспертиз в специальных институтах можно провести экспериментальные исследования для проверки значимости подвергаемых экспертизе работ. Однако легко представить, что подобные действия, как правило, является трудно выполнимыми, а порой и просто невозможными. Иногда, правда, случалось, что отчеты писались только после личного посещения мест, в которых, по мнению эксперта можно было получить необходимую специальную информацию. Так, профессора Роберт Тигерштедт (Robert Tigerstedt) и Юханссон весной 1904 года посетили лабораторию И. П. Павлова в Санкт-Петербурге, чтобы, от имени Нобелевского комитета провести изучение выполняемой там работы. В том же году некоторые сотрудники Комитета были уполномочены во время своих поездок за границу собирать частично неопубликованную информацию, касающуюся важности сывороточного лечения при дифтерии и лечения ультрафиолетовым излучением при волчанке. И еще пример. В 1923 году Секретарю комитета было вменено в обязанность представить отчет о важности инсулина на основании информации, полученной на XI Международном физиологическом конгрессе в Эдинбурге. В конце концов было признано достаточным подготавливать отчеты экспертов, основываясь лишь на анализе специальной научной литературы.
Все эксперты обязаны сдать свои отчеты до 1-го сентября, после чего члены Комитета имеют возможность сравнить и обсудить эти отчеты и в конце месяца представить окончательные рекомендации. Ввиду того, что число профессоров Каролинского института с момента учреждения Нобелевской премии сильно возросло (в 1901 году – 19, в 1961 —уже 47), было признано целесообразным дать им более широкое представительство в сессиях Нобелевского комитета. Начиная с 1934 года вошло в обычай включать в Комитет на период сентября нескольких или всех профессоров, принимавших участие в качестве экспертов. Таким образом, вместо трех членов в Комитет на период сентября в течение многих лет включается от 6 до 11 членов. В последние годы наблюдается тенденция к увеличению их числа. Таким образом, авторитет Комитета в среде научной общественности неуклонно возрастает.
Из описанной довольно сложной и запутанной процедуры следует, что присуждение Нобелевской премии по физиологии или медицине является результатом подробного и тщательного изучения, экспертизы и обсуждения, продолжающихся ежегодно в течение по меньшей мере 8-и месяцев. Каролинский институт всегда испытывал чувство глубокой ответственности по отношению к завещателю, и в связи с этим он выработал свои инструкции в строгом соответствии с пунктами завещания, считая, что таким образом будет сохранен престиж и высокий уровень наград.
Как известно, лауреаты Нобелевской премии по физиологии или медицине избираются в октябре. Сначала, в первые годы премиальной практики, решение об избрании не оглашалось до 10-го декабря, т. е. до годовщины смерти Нобеля, когда четыре премии, присуждаемые в Швеции, вручались победителям на торжественной церемонии в Стокгольме. Такой же практики придерживался в Осло парламентский комитет, присуждающий Премию мира. Попытки сохранения секретности привели, однако, к определенным трудностям, поскольку победителям было необходимо как-то оформить свое отсутствие на службе, организовать поездку и проч., не обнародуя того, что они едут в Стокгольм или в Осло.