После совместного предложения, внесенного шведскому правительству различными организациями, занимающимися наградами, было решено ввиду сложной международной ситуации в последующие военные годы премии не присуждать. Ис 1915 по 1918 годы они действительно не присуждались. Согласно правилам, премиальные деньги в этом случае поступали в Специальный фонд жюри. Однако, поскольку не было недостатка в достойных кандидатах, Каролинский институт посчитал, что коль скоро в военное время премии не присуждались, то можно проводить более строгий отбор претендентов. При этом в физиологии или медицине рассматривать только новые специфические открытия. Однако то, что награды несколько лет не присуждались, привело к тому, что набралось значительное число соответствующих этим требованиям работ, и, поскольку они должны были быть приняты во внимание в непосредственно послевоенные годы, стало трудно соблюдать нобелевское пожелание рассматривать лишь недвано сделанные открытия. В связи с этим выбор лауреата за 1919 год был отложен до 1920 года. К этому времени большинство профессоров Каролинского института пришло к выводу, что наилучший способ выполнить волю Нобеля, отраженную в его завещании, – это присуждать премию ежегодно, даже если политическая ситуация оказывается неблагоприятной. Поэтому в 1920-ом году были вручены обе премии, и с тех пор какое-то время награжение проводилось почти регулярно.
Между тем, в конце 30-х годов на европейском горизонте сгущались тучи новой войны. И неудивительно, что это опять-таки помешало присуждению Нобелевских премий. В сентябре и в октябре 1938 года (сразу после Мюнхенского кризиса) Нобелевский комитет и профессора Каролинского института, как обычно, готовились к традиционной процедуре отбора кандидатов. Однако по причинам, которые будут объяснены ниже, было решено отложить финальный выбор до следующего года, поскольку появилась, хоть и слабая, но все-таки надежда на улучшение международной обстановки. Таким образом, в 1939 году Институту пришлось распределять две премии. Премии 1938 года был удостоен профессор Корней Хеймане из Бельгии. Но по правилам премия за 1939 год должна была также присуждаться в то же время. Такое наслоение событий породило определенные трудности.
В сентябре 1938 года профессор Герхард Домагк из Германии был выдвинут на соискание премии коллегами из Франции и США и имел хорошие шансы получить премию за его революционную работу по сульфонамидам (пронтозил). Ввиду сложной международной ситуации возник вопрос о том, не может ли данная награда поставить шведское правительство в неловкое положение в связи с напряженными отношениями с Германией. От имени Нобелевского комитета Каролинского института его Председатель, который тогда являлся также ректором Института, имел беседу с премьер-министром П. А. Ханссоном. От него не удалось получить никакого официального ответа, он лишь высказал свое личное мнение о том, что если Германия не желает, чтобы ее подданные получали Нобелевские премии, наиболее естественным будет не давать им этих наград. В этой ситуации члены Комитета чувствовали себя вправе принять собственное решение и большинство проголосовало против предполагаемого присуждения премии Домагку, исходя из того, что, по их мнению, практический опыт применения сульфонамидов был недостаточным, особенно в Швеции.
На следующий год Домагк был выдвинут снова. На этот раз – коллегами из Англии, и теперь в Комитете возникло определенное мнение, что пронтозил является открытием, достойным премии. Этот вопрос обсуждался в Каролинском институте через полтора месяца после того, как разразилась Вторая мировая война. Некоторые из членов Комитета пребывали в сомнении, в то время, как другие отстаивали ту точку зрения, что следует, как и обычно, строго придерживаться правил. Нобель сформулировал свою волю следующими словами: «Выражение моей воли таково: Премия должна присуждаться вне зависимости от национальности кандидата, ее должен получить достойнейший, невзирая на то, является ли он скандинавом, или нет».
При подобных обстоятельствах не было никакого сомнения, что премию следует присудить Домагку, и действительно, в этот момент не было ни одного столь же достойного кандидата. Для международного престижа премии, а также единения присуждающих ее ученых было исключительно важно, чтобы завещание исполнялось буквально, даже во время политической нестабильности, включая войну. Что касается немецких ученых, то имелись серьезные основания полагать, что они будут приветствовать вручение награды, невзирая на официальное запрещение гитлеровского правительства.