Казалось бы, на шансах вернуть себе великокняжеский престол Василий II мог поставить крест: сосланный в отдаленный удел, ослепленный и «целовавший крест» Дмитрию Шемяке как правителю, он стал наименее вероятным претендентом на власть. Тем не менее уже через год, в феврале 1447 г., Василий II торжественно въехал в Москву — не тайно среди ночи и не после неожиданного удара заговорщиков, а как законный правитель. Оказалось, что Василий пользовался широкой поддержкой московского боярства и населения многих городов, ключевую роль в его возвращении сыграл тверской князь, прежде участвовавший в его свержении. Некоторые историки видят в окончательном утверждении на московском престоле Василия II прообраз «приглашения всей землей» и народного движения начала XVII в. Василий II прибыл в Тверь, куда к нему стали стекаться сторонники из разных городов Московского княжества. Одновременно из ВКЛ выступили укрывавшиеся там с войсками московские бояре, сохранившие верность Василию. Они соединились у Ельни (в 50 км к востоку от Москвы) с воинами татарских царевичей Касима и Якуба — сыновей Казанского хана, ставших вассалами Василия II. Пока Дмитрий Шемяка пытался блокировать врага на западе Московского княжества, посланная по приказу Василия конная сотня ворвалась в Москву на Рождество 1446 г. (25 декабря). Этот небольшой отряд без сопротивления занял Кремль и привел горожан к присяге Василию II. Дмитрий Шемяка вынужден был отступить в свой удел, проиграл несколько сражений, растерял почти всех сторонников, но отчаянно боролся за власть до 1453 г., когда по приказу Василия II был отравлен на «нейтральной территории» — в Новгороде. Даже имена персонажей этой политической драмы вполне шекспировского масштаба звучат вполне театрально. Повара, насыпавшего мышьяк в приготовленную для Дмитрия Шемяки курицу, звали Поганка, подьячего (мелкого чиновника), который доставил новость Василию II и был за то сразу произведен в дьяки, — Василий Беда.
Решающим фактором заключительного этапа затянувшегося противостояния стала политическая поддержка церкви: по дороге из ссылки в Тверь Василий II остановился в Кирилловском монастыре, игумен которого Трифон снял с него данную Дмитрию Шемяке при «крестоцеловании» клятву (взяв грех нарушения данной под принуждением священной клятвы на себя и монахов). А вскоре после перехода Москвы на сторону Василия, 29 декабря 1447 г., все православные епископы в землях в сфере влияния ВКМ, несколько архимандритов и игуменов отправили послание Дмитрию Шемяке. В послании обосновывалось право на власть Василия II, а Дмитрий обвинялся во многих грехах и выставлялся нелегитимным правителем.
Вернув себе власть, Василий II заново заключил договоры со всеми основными политическими субъектами: удельными князьями ВКМ, соседними русскими князьями и великим князем литовским и польским королем Казимиром IV. Можно сказать, что произошла «перезагрузка» политического ландшафта в восточной части бывших рѹських земель. Формально расстановка сил не изменилась, скорее ВКМ даже стало слабее после четверти века внутренней смуты и разорения. Однако гражданская война внутри ВКМ имела важные последствия для становления великого княжества как самостоятельного государства. Произошла консолидация удельных княжеств внутри ВКМ: в затянувшемся конфликте, нельзя было сохранять нейтралитет, и череда заключавшихся и перезаключавшихся договоров удельных князей с претендентами на московский престол укрепили их связь и зависимость от великого князя. Прояснились отношения с соседями: с ВКЛ (договор 1449 г. детально фиксировал границу и урегулировал территориальные претензии, ограничивал вмешательство во внутренние дела друг друга, т.е. отдавал приоритет государственному суверенитету над частным владельческим, княжеским); с возникшим в ходе конфликта Казанским ханством (ВКМ уступило территорию для создания Касимовского ханства, но обрело в лице касимовцев верных вассалов); в 1456 г. по Яжелбицкому договору Новгород фактически признал вассальную зависимость от ВКМ. Главное же, стихийно была выработана новая формула великокняжеской власти. Дмитрий Шемяка и Василий II в равной степени участвовали в формировании этой новой формулы, не последнюю роль при этом сыграли обстоятельства гражданской войны, атмосфера вероломства и предательства.