Тогда же (в 1889) был ликвидирован мировой суд в сельской местности. Функции мировых судей были переданы новому институту «земских участковых начальников», введенному в деревне. Во многих отношениях земские начальники взяли на себя роль, прежде выполнявшуюся помещиками по отношению к крепостным крестьянам. Государственные чиновники из числа помещиков (не обязательно местных), они получили полноту административной власти, к которой добавилась власть судебная (мировых судей) — в нарушение принципа разделения властей. Правда, в Англии XIX в. мировые судьи брали на себя и административно-хозяйственные функции (строительство и поддержание дорог и мостов, регулирование уровня жалования поденным рабочим и пр.), но как раз в 1889 г. эти функции были переданы учрежденным выборным советам графств. Так что с точки зрения и континентального, и «островного» права институт земских начальников со столь широкими полномочиями являлся шагом назад, сужающим сферу применимости новой судебной системы (а значит, и ослабляющим фундамент гражданской нации). Впрочем, в то же время удавалось приблизить прямой контроль государства к крестьянам, что само по себе вполне соответствовало изначальным намерениям реформаторов. По прагматическим и политическим соображениям государственным агентом в деревне вновь стал помещик, но теперь это был не владелец крестьян, а чиновник на службе, действующий от лица государства. Само название новой должности подчеркивало ее отличие от помещичьей власти: подобно тому, как наименование «земств» отсылало к давнему дуализму «земли» и «царской власти», титул «земского начальника» символизировал установление государственного контроля над «землей».
В 1887 г. министры внутренних дел и юстиции получили право объявлять заседания суда закрытыми. Повысился имущественный и образовательный ценз для присяжных, что затрудняло отбор представителей «демократических» слоев населения. В 1889 г. из ведения судов присяжных были изъяты дела по преступлениям против порядка управления (т.е. «политические»), по должностным преступлениям и некоторые другие.
Упомянутые меры противоречили универсалистскому духу новой юридической системы, однако ограничительные и дискриминационные элементы присутствовали в ней изначально. «Контрреформы» лишь усиливали этот аспект, не покушаясь на общие принципы системы: гласность большинства судов на большей части территории империи, состязательность процесса и несменяемость судей. На решительную контрреформу, предполагавшую полный пересмотр судебных уставов 1864 г., власти решились лишь к концу XIX века. Ее стал готовить назначенный в январе 1894 г. министром юстиции Николай Муравьев, стремившийся ограничить самостоятельность судебной власти, прежде всего, отменив несменяемость судей. Однако его предложения не были приняты.
Попытки изменить культуру государственного управления (точнее, его стиль) под лозунгом «гласности» оставались крайне непоследовательными и при Александре II, а после 1881 г. и вовсе были забыты. Более того, с самого начала было развернуто наступление на ту ограниченную свободу печати, которая с переменным успехом существовала в период Великих реформ. В августе 1882 г. в качестве чрезвычайной меры были приняты «Временные правила о печати», согласно которым министерства внутренних дел, просвещения и Синод могли закрывать казавшиеся им крамольными газеты и журналы. Издания, получавшие от властей предупреждение, проходили предварительную цензуру. Специальные циркуляры запрещали освещение в печати таких тем, как рабочий вопрос, переделы земли, проблемы учебных заведений, 25-летие отмены крепостного права и вообще действия властей. При Александре III были закрыты по политическим соображениям целый ряд газет и журналов. Власти также пытались цензурировать книжный рынок. Всего в 1881−1894 гг. было запрещено 72 книги (среди них не только нонконформистские тексты Л. Н. Толстого, но и «Мелочи архиерейской жизни» вполне консервативного писателя Н. С. Лескова); к постановке в театрах было запрещено более 1300 пьес. Запрещенные книги и журналы изымались из библиотек, полиция конфисковала их при обысках.
В условиях сложившейся уже среды образованного общества и интеллигенции, мобилизованной эпохой Великих реформ, списки запрещенной литературы воспринимались наиболее активной ее частью (гимназистами и гимназистками, студентами и курсистками) как списки обязательного чтения. Это общее чтение формировало оппозиционную интеллигенцию как особую сплоченную наднациональную контркультуру и «нормализовало» феномен подпольной литературы, которая печаталась нелегально как в России, так и за границей (предназначаясь для распространения в России). Политические дискуссии становились более радикальными благодаря тому, что их вытесняли из легальной сферы в подполье.