Наряду с корректировкой политических институтов, созданных в ходе Великих реформ, предпринимались и новые шаги в направлении практической «национализации» империи. Непосредственно ощущавшиеся отклонения от курса предшествующих десятилетий не так легко поддаются четкому формулированию (помимо общей реакционной риторики). Вероятно, главным отличием была именно однозначность практического воплощения идей, прежде влиявших на действия правительства в разных сферах, но не становившихся особой последовательной политикой. Эта установка на прикладное применение абстрактных принципов и вообще на идеологическую направленность политики проявилась в распространенности «чрезвычайного законодательства», направленного на решение конкретной задачи в обход стандартных процедур и без оглядки на общую систему государственности. В нарушение принципа «правомерного государства» распространялась практика «ручного управления», руководствовавшаяся не общими юридическими принципами, а конкретными целями. Так, в августе 1881 г. согласно «Положению о мерах к охранению государственного порядка и общественного спокойствия» министр внутренних дел и губернские власти получили право ареста, высылки и предания суду «подозрительных лиц» (принципиально не формализуемый юридически термин), закрытия учебных заведений и предприятий, запрета на выпуск газет и т.д. С помощью «Положения» в любой местности могло быть фактически объявлено чрезвычайное положение. Введенное на три года как временная мера, «Положение» 1881 года не раз продлевалось и действовало до 1917 г., т.е. до конца существования империи. Предоставляя широкое толкование норм временных законов администраторам разного ранга (пусть и на государственной службе), верховная власть действовала в обход государства как «идеальной машины», работающей по универсально применимым формальным правилам.
Пример чрезвычайного закона другого типа — указ Александра III от 9 марта 1891 г. о запрещении евреям-ремесленникам селиться в Москве и о выселении оттуда уже проживающих там евреев-ремесленников. Этот указ был распространен и на многие другие категории московских евреев, которые, подобно ремесленникам, имели право проживать за Чертой оседлости и не выселялись из других городов внутренней России. Проведенная московской полицией операция по выселению привела к тому, что еврейское население Москвы сократилось на 80%. Характерно, что высылка евреев из Москвы столетием ранее (при Екатерине II) — столь же репрессивная акция — была осуществлена как системная государственная мера, регулирующая места проживания всех выходцев из западных губерний, независимо от вероисповедания. В 1891 г. ни о какой правомерности решений верховной власти речь не шла. В данном случае самодержавие воплощало не верховный суверенитет государственности, а несистемное право манипулировать государственным аппаратом — именно в этом смысле понятие «самодержавия» и получило распространение в современной культуре.
При этом режим Александра III поощрял развитие современного государства в сферах, способствующих гомогенизации и консолидации (то есть, в определенном смысле, «национализации») общества. Как и в прочих случаях, речь шла о развитии тенденций предшествующего правления. Так, еще в августе 1880 г. был создан Департамент государственной полиции при Министерстве внутренних дел, пришедший на смену III Отделению в качестве главной спецслужбы страны. Уже сама по себе замена учреждения, формально являвшегося подразделением личной канцелярии императора, регулярным правительственным органом (фактически — министерством в министерстве), служила «нормализации» государственной системы. Воплощающий наиболее передовые принципы администрации и контроля над населением, Департамент полиции был не только самым современным государственным органом в России, но и одним из наиболее передовых в Европе. С самого начала в нем собирались картотеки на преступников, включая политических противников режима, т.е. членов подпольных политических кружков и партий (а легальных партий в России не существовало), активистов национальных движений. С 1890 г. в российской полиции стали внедрять авангардную систему учета, разработанную французским физическим антропологом Альфонсом Бертильоном, основанную на ограниченном наборе антропометрических показателей и отпечатках пальцев. Совершенствовалась система агентуры и внешнего наблюдения.