Николаю II не пришлось увольнять Столыпина. В конце августа 1911 г. императорская семья и высшие государственные чиновники прибыли в Киев на церемонию открытия памятника Александру II. Через день, 1 (14) сентября 1911 г. Столыпин был смертельно ранен в городском театре бывшим членом анархистских группировок и давним осведомителем Киевского охранного отделения Дмитрием Богровым. Под смехотворным с точки зрения любой службы безопасности предлогом — пообещав указать на предполагаемых террористов прямо в зале, полном высшими руководителями страны, — Богров был допущен в театр даже без личного досмотра. Давали «Сказку о царе Салтане». После второго действия, в котором Лебедь-птица сообщила Гвидону: «Ты не коршуна убил, Чародея подстрелил», в антракте Богров беспрепятственно приблизился к премьер-министру и двумя выстрелами из пистолета смертельно ранил его на глазах императорской семьи.
Завершая десятилетие политического террора, убийство Столыпина принципиально отличалось от всех прошлых громких покушений. В нем отразилось новое состояние российского массового общества, после всех манипуляций с выборами в Государственную Думу окончательно утратившего «карту» основных социально-политических делений, а значит и способность помыслить себя как целое. В отсутствии такой четкой «карты» впервые оставалось совершенно непонятным, кто убил Столыпина, зачем, и почему именно его. Разумеется, убийца был схвачен на месте свидетелями преступления и после стремительного судебного разбирательства (всего в одно закрытое заседание) казнен. Но действовал ли он как член подпольной террористической группировки, полицейский агент, или страдающий от депрессии состоятельный молодой человек? Совершил ли Богров убийство как еврей (Мордко Гершкович) или аккультурированный петербуржец (Дмитрий Григорьевич)? Почему он выбрал мишенью именно Столыпина — и почему «всего лишь» Столыпина?
Столыпин сидел в пятом кресле первого ряда партера, который начинался прямо от ложи, в которой находился Николай II с дочерьми. В момент убийства в антракте он стоял у прохода, между 6 и 7 местами — то есть не дальше, чем в 4-5 метрах от императора. Богров был вооружен браунингом М1900, который позволял ему с такого расстояния атаковать Николая II практически с тем же результатом, что и Столыпина (см. карту
). При том, что ни одна из революционных группировок не взяла на себя ответственность за теракт (в отличие от прежних времен), немедленно возникли вопросы к властям. Помимо феерического провала охраны в самом театре, скандальным выглядел отказ Николая II увидеться с раненым Столыпиным в больнице, молниеносный и малоинформативный суд над Богровым, а главное, прощение императором всех полицейских чинов, допустивших покушение. Скудость и противоречивость имевшихся сведений позволяли причислить к подозреваемым в организации покушения практически всех: революционеров, черносотенцев, спецслужбы и даже Николая II. И хотя, скорее всего, убийство Столыпина стало результатом чудовищного стечения обстоятельств, не имевших непосредственного отношения к политике, суть дела не меняется. Никогда прежде в истории Российской империи нельзя было и предположить, что убийство главы правительства мог санкционировать император или что его могли убить просто от безразличия охраны. Само появление подобных версий свидетельствовало о распаде политической структуры общества, переставшей быть имперской и не перестроившейся в национальную (ни в одном из возможных вариантов). Политические убийства оказываются нераскрытыми, когда непонятно, кто чей друг, а кто враг, и по какому принципу.После распада иллюзорного партнерства Думы, Столыпина и Николая II перспектива сотрудничества администрации и парламента стала абсолютно призрачной. Невзирая на конкретные личности депутатов, Государственная Дума действовала как представитель нации или нескольких наций, воплощая идею высшего — народного — суверенитета. Несмотря на собственный национализм, Николай II настаивал, что только власть монарха служит источником высшего суверенитета (самодержавия): лишь находясь над любой «нацией», можно было удерживать вместе и контролировать многочисленные локальные национальные территории и группы. Это современное и довольно формальное понимание имперской власти способствовало упорному сохранению явно архаических юридических норм вроде категории «сословия» или наделения церкви функциями государственного учреждения (в сфере формального и неформального контроля населения): претендуя на свою «наднациональность», монархия нуждалась в собственных, особых институтах.