В 1804 г. началась длившаяся с небольшими перерывами целое десятилетие война с Персией, вызванная присоединением к Российской империи грузинского Картли-Кахетинского царства, а также аннексией соседних закавказских государств к востоку от Грузии, вплоть до Бакинского ханства на побережье Каспийского моря. Инициатива проведения экспансионистской политики на Кавказе исходила не от Александра: он был против поглощения Картли-Кахетинского царства империей, и члены Негласного комитета в большинстве считали присоединение грузинских земель нелегитимным, о чем прямо говорилось в докладе, составленном Кочубеем в июне 1801 г. Однако еще 18 января 1801 г., незадолго до драматических событий, приведших Александра на трон, был объявлен манифест Павла I о присоединении Грузии, спустя месяц зачитанный в грузинских церквях. В течение полугода Александр пытался найти повод для отказа от провозглашенного манифеста без потери лица, под каким-либо казуистическим предлогом. В итоге он согласился с высшими сановниками, доказывавшими, что находившееся уже двадцать лет под протекторатом России Грузинское царство приходилось теперь либо признать полностью независимым (вывести военный контингент и согласиться с поглощением Грузии Османской империей и Персией), денонсировав манифест Павла, либо полностью зависимым, завершив фактически уже начатое присоединение. 12 сентября 1801 года Александр, при всем своем «крайнем отвращении… к принятию Грузии в подданство России» (по свидетельству генерал-прокурора А. А. Беклешова), издал в Москве манифест о присоединении Грузии.
Будучи во многом заложником сложившихся обстоятельств, Александр I, тем не менее, проявил и собственный выбор в том, что касалось оформления решения об аннексии Грузии. Значительная часть правящей элиты Картлии и Кахетии действительно стремилась к присоединению к России, воспринимая его как наименьшее из зол. Поэтому с осени 1800 г. в Петербурге находилась грузинская делегация, уполномоченная подписать двусторонний договор о присоединении. Подписание такого договора снимало бы вопрос о нелегитимности поглощения суверенного государства Российской империей, и, вероятно, Екатерина II с радостью бы подписала его на месте Александра. Но Александр I не пожелал подписывать договор, и независимое царство было включено в состав Российской империи в качестве одной из губерний. Присоединение Грузии к России было империалистическим актом не столько в силу утраты Грузией суверенитета (коль скоро практический выбор стоял между поглощением мусульманским или христианским соседом, и инициатива в деле объединения исходила от Грузии), сколько в демонстрации высокомерного превосходства Россией, отказавшей даже в формальном знаке уважения суверенитету Грузии. Не вызванная никакой политической или юридической необходимостью (и столь контрастирующая с позднейшим обращением с Финляндией или Польшей), позиция Александра I должна в таком случае объясняться идеологическими и культурными причинами. Можно предположить, что воспринимая Россию как форпост европейской цивилизации, он не мог допустить даже сугубо формального проявления равноправных отношений с провинциальным ближневосточным царством.