Малиновский сыграл большую роль в расколе социал-демократической фракции в IV Государственной Думею К расколу стремился Ленин, имея в виду полное подчинение части социал-демократических депутатов Думы его указаниям. На совещании большевистского Центрального Комитета РСДРП в Кракове, в конце декабря 1912 г., присутствовал и Малиновский. В резолюции этого совещания было сказано, что партия "должна оказывать всестороннюю поддержку массовым стачкам и всякого рода революционным выступлениям" и устраивать митинги и демонстрации. Меньшевики считали, что вооруженные восстания, к которым призывал Ленин, могли лишь привести к дезорганизации рабочих масс, нуждавшихся в подготовительной работе. Меньшевистские депутаты Государственной Думы (семь человек) -- не были намерены следовать путчистской тактике большевиков. При усердном содействии Малиновского, Ленину удалось расколоть в октябре 1913 г. думскую социал-демократическую фракцию. Однако Малиновский просчитался в своей опасной игре. Речи, которые он произносил с трибуны Государственной Думы, составлял для него Ленин. Перед своими выступлениями эти речи Малиновский представлял на просмотр в Департамент Полиции. 7 мая 1914 г. он читал протест против исключения его из 15 заседаний Думы. Председатель лишил его слова, и Малиновский был вынужден уйти с трибуны. Подобные "ультра-революционные" его выступления вице-министр Внутренних Дел генерал Джунковский признал слишком опасными, и сведения о секретном сотрудничестве Малиновского с Департаментом Полиции были переданы председателю Государственной Думы М. В. Родзянко. Малиновскому приказали сложить мандат члена Думы и уехать за границу, что он в дальнейшем и сделал. Перед этим Малиновский был у Ленина и обо всем ему рассказал. Ленин, однако, не только не отрекся от секретного сотрудника Департамента Полиции, но выступил даже в его защиту. Меньшевистская "Новая Рабочая Газета" требовала расследования этого дела. Ленин и Зиновьев заявили в ответ, что они ручаются за политическую честность Малиновского, и что Мартов и Дан, требовавшие расследования дела, -- "сознательно бесчестные клеветники". Малиновскому даже дана была возможность выступить на страницах легальной большевистской газеты "Правда" с обвинениями против представителей меньшевиков. Секретный сотрудник Департамента Полиции возражал против партийного суда над собой, но требовал публичного рассмотрения дела в суде Швейцарии. Ленин сделал возможным это выступление провокатора Малиновского с тем расчетом, что противники большевистской фракции не смогут выступить с обвинениями против Малиновского перед государственным судом свободной страны, так как в этом случае пришлось бы привлечь в качестве свидетелей многих лиц из числа нелегальных участников революционного движения в России (J. Martow -- Th. Dan, op. cit., S. 266--267). Этот маневр Ленину удался: дело провокатора Малиновского, члена ЦК партии большевиков и депутата Государственной Думы, вождь большевизма временно замял. Можно догадываться, что Ленин и раньше знал о службе Малиновского в Департаменте Полиции, но думал, что последний служит более революционному движению, чем царскому режиму. Повидимому, в "верности" революционному движению Малиновский еще более убедил Ленина после своего вынужденного ухода из Государственной Думы в 1914 г., так как Ленин не прерывал с ним связей до самой революции 1917 г. По указаниям Центрального Комитета большевистской партии Малиновский, будучи в Германии во время первой мировой войны, вел пораженческую пропаганду в лагерях русских военнопленных.
В феврале 1917 г., накануне падения царского режима в России, было опубликовано, наконец, решение особой комиссии по делу Малиновского в большевистской газете "Социал-Демократ" (Швейцария). Комиссия была назначена Центральным Комитетом РСДРП. В нее входили Ленин, Зиновьев и Ганецкий-Фюрстенберг. Комиссия признала Малиновского совершенно реабилитированным. Однако в непродолжительном времени, после свержения царского правительства, были опубликованы материалы из архивов Департамента Полиции о провокаторской деятельности Малиновского. У Ленина хватило все же смелости после этого обвинять б. председателя Государственной Думы Родзянко, якобы "утаившего дело Малиновского и не давшего возможности расследовать деятельность агента-провокатора" (В. И. Ленин, Соч., 3 изд., т. 12). Имя Малиновского упоминается в Истории КПСС один раз, на стр. 162, как избранного в Государственную Думу в 1912 г. О его роли в расколе фракции РСДРП в Государственной Думе директор Департамента Полиции Белецкий сообщил следственной комиссии Временного Правительства в 1917 г. следующее: "Малиновский получил поручение стараться изо всех сил, чтобы углубить раскол социал-демократической партии ... Я признаю, что вся задача моего поручения может быть очерчена словами: сделать невозможным объединение партии" (B. Wolfe, Der Monat, Berlin, Heft 67). В этом же направлении действовал и Ленин (см. Paul Ohlberg, Neue Zuercher Zeitung, 10. 10. 1959).