Вначале ламаизм принял правитель Ордоса Хутухай-Сэцэн-хунтайджи, затем сумевший убедить в правильности своего решения Алтан-хана. В 1578 г. состоялись переговоры между правителями юга Монголии и верховным ламой Тибета Содном-джамца, в ходе которых были определены основы отношений между светскими властями и руководством ламаистской церкви. Был создан своеобразный тибето-монгольский союз, противостоявший минскому Китаю. В знак этого Алтанхан удостоил религиозного лидера Тибета звания Далай-лама (Океан премудрости), а тот, в свою очередь, провозгласил его великим ханом. После этого ламаизм, при поддержке светских властей Монголии, стал все активнее распростроняться по всей ее территории, причем высшее духовенство наделялось привилегиями светской элиты, в частности, ламы освобождались от уплаты налогов и личных повинностей.
В 1586 г. верховным ламой Тибета стал правнук Алтан-хана. Это был первый и последний случай, когда монгол возглавил ламаистскую церковь в Тибете.
Вскоре о своей приверженности ламаизму объявил правитель Халхи Абатай, во владениях которого появился первый в Монголии
С развитием ламаизма стала развиваться монгольская культура и письменность. При монастырях открывались школы, ставшие своеобразными очагами подготовки образованных людей и зачатков интеллигенции.
С другой стороны, ламаистская церковь ежегодно забирала в свои ряды большое количество молодых мужчин, что не могло не сказаться и на уровне экономического развития Монголии.
Образование Джунгарского ханства
На рубеже XVI–XVII вв. в Западной Монголии образовалось отдельное ханство, получившее название Джунгарское (Ойратское)
. Оказавшись на пересечении интересов России и Цинского Китая, эта страна сыграла важную роль в международных отношениях в Центральной Азии того периода.Находясь в неблагоприятном для себя окружении, Джунгария испытывала в то время большие экономические затруднения, отражавшиеся и на происходивших там внутриполитических процессах. Постепенно гегемонию захватил род Чорос, выдвинувший из своих рядов хана Харахула. Ответом недовольных таким положением дел князей стала их откочевка из Джунгарии вместе со своими зависимыми аратами в первой трети XVII в. Наиболее известными из этой группы стали калмыки, поселившиеся на территории России и принявших российское подданство.
Оставшиеся в Джунгарии монголы, которых после смерти в 1635 г.
Хара-Хулы возглавил его сын Батур-хунтайджи, были настроены антиманьчжурски и попытались объединить всех монголов на борьбу с ними. Эту дату считают временем образования Джунгарского ханства. Часть ойратов, недовольных созданием Джунгарии, откочевала на Волгу и в Кукунор, где возникли самостоятельные ойратские ханства. Тем не менее, несмотря на антикитайские и антиманьчжурские настроения, главным направлением внешнеполитической активности ойратов стал Восточный Туркестан.В 40-е гг. XVII в. Джунгария начинает завоевание восточных районов Могулистана, начав с территорий Чалыша и Турфана. Затем они вторглись в Кирию, Аксу и Кашгар. В 1652 г. Батур-хунтайджи вел войны с тяньшанскими киргизами и с казахами, сумев их оттеснить в другие районы. Но после его смерти они вновь начинают воевать с ойратами и только к 1655 г. от них освободили восточную часть Семиречья. Можно говорить о том, что к этому времени возникла уже единая тюрко-монгольская общность, способная противостоять проникновению сюда Цинского Китая и видевшая в захвате этого региона перспективу для контроля за проходившем тут важным тяньшаньским участком Великого шелкового пути.
Часть местного ойратского населения начинает вести оседлый образ жизни, строить города. Был написан свод законов «Цааджин бичик», предприняты попытки создания особой ойратской письменности, что свидетельствует о еще большем отделении ойратов от других монгольских народностей, попавших к этому времени под контроль Цинов и их сближении с народами Восточного Туркестана.
Монголия в середине XVII–XVIII вв.