Смерть в 1643 г. маньчжурского хана Абахая и вступление на престол его малолетнего сына, стали поводом для ряда монгольских князей освободиться от вассальной зависимости. В 1647 г. Сэцэн-хан и Тушету-хан выступили в поддержку поднявшего восстание против маньчжурского господства южномонгольского князя Тэнгиса, но потерпели поражение. В Пекине потребовали от монгольских князей посылки своих заложников, но те посчитали для себя такую процедуру унизительной и ответили отказом. Лишь в 1655 г. князья Халхи вынуждены были вновь признать свою вассальную зависимость от маньчжурского богдыхана Шуньчжи.
Маньчжуры, занятые установлением своего господства в Китае, не могли одновременно вести активную экспансию в отношении Халхи, поэтому использовали метод разжигания внутримоглольских противоречий, в частности, между ойратами и лидерами Халхи, выступая в роли посредников в их урегулировании. В 1664 г. они в одностороннем порядке закрыли границу между Южной Монголией и Халхой по пустыне Гоби, запретив монголам ее самовольный переход.
В 1688 г. вспыхнула война между Халхой и ойратами, закончившаяся поражением первой. Спасаясь от преследования ойратов, вожди Халхи в 1691 г.
на съезде князей Южной и Северной Монголии, проходившего с участием маньчжурского богдыхана Канси, стоя перед ним на коленях, приняли решение о вхождении Халхи в состав цинского Китая, ее разделе на 34 хошуна, о реорганизации монгольских войск по маньчжурскому образцу и о замене монгольских титулов маньчжурскими.Таким образом, к концу XVII в. независимыми от маньчжур оставались лишь жители Ойратского ханства.
После подчинения Халхи, маньчжурский богдыхан был провозглашен верховным правителем Монголии, распространив на ее территорию законы цинской империи. Монгольские ханы получили статус вассалов маньчжурского богдыхана, который получал право присваивать им титулы и звания, наделять или лишать земельными уделами.
Для организации непосредственного управления монгольскими землями, маньчжуры создали специальную «Палату внешних сношений»
, руководство которой подбирало кандидатуры для назначения на должностиВласть монгольских ханов ликвидировалась на уровне аймаков. Старое административное деление упразднялось и вводилась новая система разделения на хошуны
, границы которых лично утверждались богдыханом. Хошунский дзасак ведал военными, административными и судебными делами на подведомственной территории, в свою очередь, имевшую деление на более мелкие единицы. Власть дзасака была наследственной, и его положение во многом зависело от воли богдыхана. Вместо старых титулов и званий вводились новые, соответствовавшие китайским. Бывшие ханы аймаков формально сохранили свои прежние титулы, но на практике они были не выше титула хошунного дзасака. В конце XVII в. к монгольским князьям указом богдыхана были прикреплены араты –Маньчжуры старались разобщить монгольскую элиту, опасаясь ее консолидации вокруг идеи восстановления независимости. Маньчжуры часто выступали в роли посредников при разрешении внутримонгольских противоречий, что поднимало и укрепляло их авторитет.
К 1725 г. на территории Халхи существовало четыре аймака, состоявших уже из 74 хошунов.
Таким образом, Монголия была раздроблена на большое число уделов. Все ее мужское население, способное носить оружие, включалось в хошунные войска во главе с князем, который назначался маньчжурами из числа лиц, имевших наиболее высокие титулы. Хошун делился на сомоны, а несколько хошунов составляли аймак. Таким образом, административные и военные единицы совпадали. Вооружены войска были копьями и луками. Огнестрельного оружия у них не было. Главной функцией такого войска являлось несение пограничной службы на северных границах Халхи.В 1727 г. в каждом аймаке были созданы собрания хошунных дзасаков, избиравших из своей среды главу, который, после утверждения его кандидатуры в Пекине, становился там главой гражданской власти. Таким образом, прямые потомки Чингисхана были лишены реальной власти, так как теперь все ханы и дзасаки стали находиться в прямом подчинении китайского богдыхана.
При императоре Юнчжэне, в 1735 г., маньчжурский язык на территории Монголии стал официальным, а при Цяньлуне (1736–1796), установилась практика регулярного, раз в три года, приезда монгольских князей на личную аудиенцию в Пекин для передачи дани и подарков.