Никогда не останавливаясь перед необходимостью применить насилие или пролить кровь, Шамиль во многом способствовал тому, что и русские генералы вели против горцев войну на уничтожение, не признавая в ней никаких правил. Мусульмане отвечали тем же, тем более что их поведение определялось указаниями шейхов и племенных вождей, высшего духовного авторитета – имама Шамиля и его наибов. Справедливо карая за разбой или обман, имам столь же безжалостно казнил «отступников», сжигая целые селения. Он убивал и за несоблюдение предписаний Корана, пропуски положенных пяти молитв в день, неотчисление соответствующего процента в пользу бедных. За пьянство, помимо положенных по шариату сорока палок, он мог осудить и на смерть в некоторых случаях. Жестоко наказывал он за танцы и курение. Наибы имама не отставали от него в жестокости и нарушали его же предписания о хорошем обращении с бедняками и перебежчиками. Недаром почти все они впоследствии изменили Шамилю и перешли на русскую службу. Сам Шамиль тоже думал об этом, еще в 1837 г. планируя встретиться с царем Николаем I в Тифлисе, но потом отказался от этого под влиянием своего окружения.
В окружении Шамиля постоянно шла борьба группировок, особенно после назначения им своим наследником в 1847 г. старшего сына Гази-Магомеда
. Когда началась в 1854 г. Крымская война, Шамиль оказал значительную помощь вторгнувшимся на Кавказ османам, послав в Кахетию 7 тыс. конников во главе с Гази-Магомедом. Захватив город Цинандали, Гази-Магомед пленил семьи служивших в русской армии князей Орбелиани и Чавчавадзе. И хотя вскоре османы, как и Гази-Магомед, были изгнаны из Закавказья, султан произвел Шамиля вКавказ в то время оказался в центре различных международных интриг как западных держав, так и польской эмиграции, лидер которой князь Чарторыйский строил план создания широкого антирусского союза горцев Кавказа, донских казаков, украинских повстанцев и польской армии из числа дезертиров, покинувших российскую службу. Еще до этого польская эмиграция пыталась реанимировать планы создания «черкесского государства», в защиту «независимости» которого могли бы выступить державы Запада. Все эти фантазии не осуществились. В то же время характерно, что в боях против османов и англо-французов на Кавказе в 1855 г. участвовали воинские части из кавказцев общей численностью в 30 тыс. человек, включая добровольно сражавшихся 12 тыс. адыгов, абазинцев, балкарцев, карачаевцев, осетин и других уроженцев Северного Кавказа.
После окончания в 1856 г. Крымской (или, как ее иногда называют, Восточной) войны положение Шамиля сильно осложнилось. В августе 1859 г. при штурме аула Гуниб Шамиль был вынужден сдаться. После встречи с императором Александром II его поселили в Калуге. С этого момента Шамиль призывал горцев сотрудничать с властями России. Отправившись в 1870 г. в Мекку, он там и умер. Символична была судьба его сыновей: Джамалутдин окончил в России кадетский корпус и дослужился до поручика уланского полка, Мохаммед-Шефи стал генерал-майором русской службы и кавалером многих орденов России, а Гази-Магомед и Мухаммед Кямиль эмигрировали в Османскую империю и стали генералами в армии султана. Кавказская война, прекратившись в Чечне и Дагестане, перекинулась на запад, на земли абхазов и адыгов, где продолжалась еще пять лет. Причиной этого явилась колониальная по своей сути политика царских властей, с одной стороны, закреплявших привилегии местных феодалов, а с другой – лишавших их реальной власти и поощрявших, начиная с 50-х годов XIX в., колонизацию приобретенных территорий Северо-Западного Кавказа русскими и украинскими переселенцами, особенно – донскими и кубанскими казаками, выходцами из Прибалтики и Германии, греческими и армянскими беженцами из Османской империи. Для целей колонизации царские власти отбирали земли у местных жителей, практически вытесняя их с побережья и из районов высокоурожайных земель.