Политика Кабрала вызывала широкое недовольство, а в 1846 г. спровоцировала крестьянское восстание на севере страны, переросшее в гражданскую войну (1846–1847 гг.). В ходе ее восторжествовала партия «сентябристов». Кабрал был изгнан, но в 1849 г. вновь вернулся к власти. Правительство Кабрала окончательно пало лишь после очередного военного мятежа в 1851 г. и было сменено либеральным министерством во главе с Салданьей. Все эти политические бедствия усугублялись слабостью королевского дома. Мария II к концу своей жизни совершенно утратила способность вмешаться в ход событий. После ее смерти в 1853 г. престол унаследовал ее шестнадцатилетний сын Педру V (1853–1861). Этот образованный, многообещающий юноша так и не смог стать энергичным монархом. Ранняя смерть его супруги оставила короля без потомства, и в 1861 г. престол унаследовал его брат унаследовал его брат Луиш I (1861–1889).
Политическая нестабильность Португалии стала препятствием к ее экономическому возрождению. Португалия все еще сохраняла обширную колониальную империю, в которую входили Ангола, Мозамбик, Гвинея-Бисау, острова Зеленого Мыса, Сан-Томе и Принсипе в Африке; Гоа, Даман и Диу в Индии; Макао и Тимор в Юго-Восточной Азии. Но население страны росло чрезвычайно медленно. В конце XIX в. оно составляло около 5 млн человек. Экономика носила агарный характер и была очень отсталой. Рабочих насчитывалось всего 80 тыс. Крупные предприятия в Португалии практически отсутствовали, и поэтому добываемые полезные ископаемые вывозились в другие страны в необработанном виде. Важнейшими экспортными товарами оставались вино, оливковое масло и некоторые продукты рыбоконсервного производства.
Показателем низкого уровня развития португальской экономики стала широкая эмиграции из страны в конце XIX в. Росла и международная зависимость Португалии. Так, в 1898 г. было подписано англо-германское соглашение, которое предусматривало предоставление Португалии обеими странами займа в обмен на ее колонии. Англии должны были перейти южный Мозамбик и центральная Ангола, а Германии – северный Мозамбик, южная и северная части Анголы и остров Тимор в Тихом океане. Но обострение англо-германских отношений изменило планы британской дипломатии. В 1899 г. Португалии был предоставлен большой заем и подписано секретное Виндзорское соглашение, гарантировавшее неприкосновенность территории Португалии и ее колоний. Португалия обязалась не пропускать через территорию своих африканских колоний войска, вооружение и военные материалы для бурских республик.