Известие о результатах сражения при Павии всколыхнуло Италию. Стало ясно, что, если не изменить ход событий, итальянским государствам останется только склониться перед волей всемогущего победителя. В 1526 г. во французском городе Коньяке был заключен союз между Венецией, Флоренцией, папой Климентом VII и не собиравшимся выполнять навязанные ему обязательства Франциском I. Протектором Коньякской лиги объявил себя король Англии. Истинными хозяевами Лиги являлись итальянцы, они же составили основу ее армии. Однако раздоры среди членов Лиги и нерешительность военных операций не позволили итальянцам изгнать имперцев из Ломбардии. Это дало возможность Карлу V 6 мая 1527 г. взять Рим. Немецкие ландскнехты и испанские солдаты подвергли город и его окрестности страшному разгрому и опустошению. Поход французской армии на юг Италии (повторивший маршрут Карла VIII Валуа) и осада Неаполя союзным флотом Франции и Венеции окончились неудачей.
Вторая франко-габсбургская война (1526–1529) завершилась подписанием Кабрейского мира. Франциск полностью отказался от притязаний на Италию и сюзеренитета над фактически принадлежавших Карлу Фландрией и Артуа. При этом французский король был освобожден от условия возвращения Бургундии, а его дети были отпущены из плена. Для итальянских государств разгром Коньякской лиги означал крах их последней попытки вести самостоятельную политику в борьбе между Францией и Империей. На Болонском соборе 1530 г. Климент VII короновал поработителя Италии Карла V немецкой и итальянской коронами. Однако борьба за Италию не прекратилась. В действие вступили новые факторы, которые ослабляли Империи – борьба в Германии между католиками и протестантами, приобретшая международное значение, переход инициативы в соперничестве на Средиземном море в руки Османской империи, новое вторжение турок на территорию Юго-Восточной Европы.
Третья франко-габсбургская война (1536–1538) началась после того, как имперские войска оккупировали Милан, который потеряв формальную независимость, стал владением Габсбургов. Добиваясь компенсации Франция выступила с династическими притязаниями на Савойское герцогство. Войска Франциска I заняли пограничные с Францией области Савойю и Пьемонт. Попытки Карла V выбить их оттуда, равно как и вторжение имперцев в Прованс и Пикардию, оказались безуспешными. Согласно подписанному перемирию, Франция удержала за собой Савойю и две трети Пьемонта.
В ходе четвертой войны Франциска и Карла (1542–1544) произошло «скандальное» для христианского мира событие. Вступивший в тайные сношения с султаном Сулейманом I французский король заключил с ним в 1536 г. союз, следствием которого было соединение в 1543 г. в Марселе турецко-алжирского флота с французскими кораблями. Союзники осадили и взяли Ниццу, признававшую власть савойского герцога. Однако на главном театре военных действий, на полях самой Франции, ситуация для Франциска складывалась катастрофически. Имперская армия во главе с Карлом вторглась в Шампань и дошла почти до стен Парижа, в то время как союзные ей английские войска взяли Булонь. Все же эффектной развязки не последовало: германский император, заботившийся в тот момент прежде всего о том, чтобы освободить себе руки для борьбы с немецкими протестантами, внезапно заключил с французским королем мир на неожиданно мягких условиях статус кво.
Последняя из франко-габсбургских войн (1551–1559) отличалась широким размахом – военные действия происходили в масштабе всего Апеннинского полуострова, а также захватили лотаринго-фландрский регион. Постоянным явлением было взаимодействие французского флота с турецким на Средиземном море. В Трансильвании, а затем Венгрии Габсбурги вели войну с турками, а в самой Германии антигабсбургские силы активизировали свои действия. В какой-то момент возможность перехода гегемонии над Италией к Франции выглядела вполне реальной.