Внутренние перемены были связаны с Бранденбургом, Саксонией и Баварией. Курфюршество Бранденбург получило Восточную Померанию и после кончины администратора из дома Веттинов секуляризованное архиепископство Магдебург. К Саксонии отходили Верхний и Нижний Лаузиц. Эти территории позволяли Веттинам контролировать среднее течение Одера. Присоединение этих земель стало последним крупным приобретением в истории Саксонии: ее территориальный рост на Севере блокировался Гогенцоллернами. Бавария приобрела Верхний Пфальц, а за Максимилианом Баварским закреплялся титул курфюрста. Опальные князья южной и северной Германии восстанавливались в своих правах. Амнистию получали все подданные императора, когда либо сражавшиеся с оружием в руках против католического престола. Конфессия была отделена от имперского права, и делался шаг на пути секуляризации права и правового сознания.
Вестфальский мир закрепил в Империи равенство между католиками, лютеранами и кальвинистами: было исправлено положение Аугсбургской системы, не позволявшее кальвинистам бороться за свободу вероисповедания. Определялся так называемый «нормальный год»: им был объявлен 1624, все владения, находившиеся в руках католиков и протестантов на 1 января этого года, закреплялись за ними навсегда. Любой имперский чин сохранял право свободного перехода из одной конфессии в другую. Но это не должно было сопровождаться изменением вероисповедания его подданных. Устанавливались гарантии свободы вероисповедания религиозных меньшинств в протестантских и католических землях.
Тридцатилетняя война принесла Германии тяжелейшие разрушения и лишения. Численность населения упала почти вдвое и составила 10 млн человек. Некоторые районы, в том числе Пфальц, Вюртемберг, западная часть Бранденбурга, Мекленбург, Восточная Померания обезлюдели: они потеряли 5/6 населения. Территориальные и людские потери привели к тяжелым экономическим последствиям: была подорвана торговля Ганзейского союза, произошли разрыв торговых связей, упадок сельскохозяйственного производства, сокращение добычи полезных ископаемых. Обрести экономическое благополучие можно было лишь под протекцией шведской короны, но усилились экономические позиции внутриимперских центров, обслуживающих дальние и ближние регионы. Так, Франкфурт-на-Майне и Кельн стали экономическими лидерами.
Вестфальский мир закрепил раздробленность Германии. Князья получили право вести самостоятельную внешнюю политику, заключать договоры с иностранными государствами, объявлять войну, заключать мир, но в статьях договора отмечалось, что их внешнеполитические действия не должны быть направлены против Империи. Современная немецкая историография полагает, что мощного прорыва в росте территориальной государственности тогда не случилось, он произошел на более ранних стадиях развития немецких княжеств, для послевоенной ситуации скорее характерны консервирующие тенденции эволюции власти. Следует заметить, что долгие годы войны, лишений дискредитировали в глазах самых широких масс населения представления о самоценности общинных институтов и органов самоуправления. Возросла роль правительственных институтов: в условиях лихолетья население апеллировало не к имперскому суверену, а к собственным территориальным государям. Произошла широкая общественная консолидация вокруг базовых институтов власти при сохранении традиционной основы в деятельности этих институтов. В целом, после Тридцатилетней войны в Германии выросла социальная дисциплина.
Священная Римская империя германской нации продолжала существовать. Во главе ее стоял император, избираемой коллегией из 8 курфюрстов – крупнейших светских и духовных князей Австрии, Бранденбурга, Баварии, Кельна, Трира, Майнца, Саксонии и Пфальца. Курфюрсты стремились ограничить права императоров, и при избрании на престол каждому новому императору навязывались условия, предоставлявшие преимущества князьям в ущерб Империи. Гегель позже назвал подобную ситуацию «конституционной анархией».
Примеру курфюрстов следовали правители и других немецких государств, часто стремясь к самостоятельности без достаточных к тому оснований. Так, бургграфство Райнек состояло из замка с 12 подданными, а также нескольких дворов и мельниц. Но, по выражению Фридриха II, «даже среди младших членов владетельных домов не было никого, кто не воображал бы себя похожим на Людовика XIV, каждый строил свой Версаль, имел своих метресс, держал свои армии». В Германии было тогда более 300-х государств, а если принимать во внимание духовные и рыцарские владения, то около 1600. Юридически они не обладали таким широким суверенитетом как князья, но по своим правам мало отличались от них.