Поводом к войне стали события в Богемии. Именно здесь столкнулись консолидированные силы протестантов в лице «богемских братьев», утраквистов и лютеран с католиками, чья активность возросла после поддержки в 1617 г. испанскими Габсбургами воспитанника иезуитов Фердинанда Штирийского на троны Чехии, Венгрии и Империи. Фердинанд II (1613–1637) как законный государь Богемии имел право на определение конфессиональной принадлежности своих подданных, поэтому его наместники распорядились о сносе и закрытии там двух протестантских церквей. С другой стороны, это находилось в противоречии с «грамотой величества» 1609 г., гарантировавшей религиозные и политические права чехов. Столкновение двух норм создавало безвыходную ситуацию.
23 мая 1618 г. в Праге вспыхнуло восстание, положившее начало Тридцатилетней войне. Вооруженная толпа, ворвавшись в королевский дворец Пражского города, выбросила из окна двух членов назначенного Габсбургами правительства и их секретаря. Этот акт «дефенестрации» был воспринят в Чехии как знак разрыва с Австрией. Вся полнота власти перешла к тридцати директорам («богемская директория»). Ключевой фигурой среди них стал Генрих Матфей Турн. Армия восставших провела ряд успешных военных операций в северной Австрии и под Веной. Чешский сейм отказался признать права Фердинанда на чешскую корону и избрал королем главу Евангелической Унии курфюрста-кальвиниста Фридриха Пфальцского. В 1619 г. он был коронован и поселился в Праге. Пражское восстание приобрело характер общеимперского кризиса. Однако Фридрих Пфальцский не предоставил в распоряжение восставших ни больших денег, ни войск. То, что они смогли продержаться до 1620 г., объясняется прежде всего слабостью императора Фердинанда.
К середине 1620 г. католики получили достаточно денежных средств и добились единства действий. В ноябре 1620 г. армия восставших чехов была разбита на Белой Горе. Потеряв Прагу, Фридрих бежал в Голландию. Его генералы вынуждены были самостоятельно защищаться в Пфальце, сдав вскоре все крупные крепости на реке Неккар, включая Гейдельберг и Маннгейм. Весной 1623 г. весь Пфальц находился в руках сил Католической Лиги и помогавших ей испанцев.
Победа над Пфальцем значительно усилила военную и политическую мощь Католической Лиги. Фердинанд был вынужден все в большей степени считаться с мнением ее лидеров. Богемия подверглась рекатолизации. Несколько позже в 1627 г. была отменена и «Грамота величества», после чего Чехия лишилась всех прежних имперских привилегий. В феврале 1623 г. Фердинанд распространил имперскую инвеституру Максимилиана Баварского на Верхний Пфальц и позволил католическим силам во главе с Тилли занять часть нижненемецких протестантских территорий. Угроза католического реванша в рамках всей Империи привела к консолидаци протестантских сил в Северной Германии и вызвала обеспокоенность Дании, Англии и Республики Соединенных провинций.
С 1625 г. начался второй этап Тридцатилетней войны, получивший название «датского». Король Дании Кристиан IV, пользующийся поддержкой Англии и Республики Соединенных провинций, возглавил коалицию северо-германских князей. Ему противостояла имперская армия во главе с талантливым стратегом, организатором и одновременно ловким, изворотливым и циничным человеком, владельцем большей части земель в северо-восточной Чехии Альбрехтом Валленштейном (1583–1634). Валленштейн помог императору Фердинанду и в решении финансовых проблем, предложив содержать огромную армию за счет высоких контрибуций, взимаемых с населения. К 1630 г. численность имперской армии превысила 90 тыс. человек. Валленштейн нанес датчанам ряд сокрушительных поражений на севере Германии, установив контроль над всей Северной Германией, Померанией и Мекленбургом.
Рейд Валенштейна на Ютландский полуостров в 1627 г. заставил датского короля просить мира. Мирный договор был подписан в 1629 г. в Любеке.
Однако блистательные победы умножали противоречия в лагере католиков. После распада рейхстага единственным представительным органом сословий стали поощряемые императором съезды курфюрстов. Однако и этот орган быстро утратил эффективность. Валленштейн за свои военные успехи получил целое княжество – герцогство Мекленбургское, став имперским князем. В его лице создавалась новая фракция имперских князей. Максимилиан Баварский, возглавлявший Католическую Лигу, очень ревниво относился к усилению политического влияния императора. Он не скрывал нетерпимого отношения к наличию у императора собственных вооруженных сил, а в даровании Валленштейну мекленбургских земель без созыва рейхстага видел угрозу вековому правопорядку Империи.