«Гейльброннская программа» представляла собой попытку достижения компромисса между различными социальными силами немецкого общества на основе их сплочения вокруг идеи создания единого централизованного государства. Однако, две важнейшие составляющие движения – анти-феодальная борьба крестьянства и желание бюргерства и мелкого рыцарства противопоставить политической анархии сплоченное национальное государство – не слились воедино. Произошло это, прежде всего, потому, что ликвидация крайних проявлений феодальной реакции должна была стать фундаментом политических преобразований, но решить одновременно эти важнейшие для Германии задачи было невозможно в силу разнородности и незрелости общественных сил, стремившихся к переменам. Вскоре франконские отряды были разгромлены войсками Швабского союза. Их участники подверглись жесточайшим репрессиям.
Несмотря на поражение восстания в Швабии и Фраконии крестьянское движение еще продолжалось во многих немецких, австрийских и чешских землях. С большим упорством сражались повстанцы в Тюрингии и Саксонии. Упорно сопротивлялись крестьяне Тюрингии. Здесь центром движения стал имперский город Мюльхаузен, а его вдохновителями были народные проповедники Томас Мюнцер и Генрих Пфейффер. Они пророчили скорый конец «безбожным тиранам» и переход власти к народу. Основные силы восставших сконцентрировались в укрепленном военном лагере у Франкенгаузена. Однако в сражении с хорошо вооруженными и подготовленными княжескими войсками повстанцы были разгромлены. Их лидеры были казнены. 25 мая капитулировал и Мюльхаузен. С восстанием в Тюрингии было покончено.
К концу 1525 г. крестьянская война в Германии потерпела окончательное поражение. В стране воцарился террор, способствовавшая усилению произвола князей. Это послужило причиной длительного застоя, в котором оказалось хозяйство страны во второй половине XVI в. Но разгром восстания значительно укрепил взаимосвязь умеренных протестантских кругов с властью князей и магистратов. Показательным фактом стал выход в свет сочинение Лютера «Против разбойничьих и грабительских шаек крестьян», где резко осуждались действия восставших и содержался призыв «рубить, душить, колоть» повстанцев «как бешеных собак». Именно в годы крестьянской войны лютеранство окончательно приобрело характерный для него впоследствии государственнический пафос. Сама лютеранская церковь значительно усилила свои позиции в северо-германских городах.
Германские земли во второй половине XVI в.
После подавления крестьянской войны территориальные князья взяли на вооружение положение Лютера о необходимости секуляризации церковных земель с целью усиления своего экономического могущества и независимости от императорской власти. В 1526 г. по решению рейхстага имперские чины получили разрешение до всеобщего собора вести себя в религиозных вопросах так, «как если бы они были ответственны только перед Богом и его императорским величеством». Фактически речь шла о легилизации лютеранства. В некатолических княжествах по инициативе, разработанной Лютером и его единомышленника Меланхтоном, начались «церковные проверки» – инспекции убеждений и деятельности учителей, университетских преподавателей, церковных проповедников и церковных служащих, инвентаризация церковных имуществ. Первые такие проверки были проведены в 1526 г. в Саксонии. Именно «церковные проверки» дали толчок процессу секуляризации церковных имуществ. Часть этих имуществ перешла в руки дворянства и горожан, часть по распоряжению властей и под их контролем была направлена на содержание проповедников, школ, университетов.
Секуляризация и иные гонения на католическую церковь вызвали осуждение со стороны католиков. В 1529 г. на Шпейерском рейхстаге император Карл V потребовал отказаться от секуляризации и обязательном отправлении церковных служб по католическому образцу во всех немецких княжествах. В ответ сторонники Лютера заявили протест, после чего их и стали называть протестантами. С ними были солидарны и некоторые князья-католики. Религиозные разногласия уступили место совместному стремлению заставить императора возобновить секуляризацию.