Тридцатилетняя война бесспорно являлась общеевропейским событием, но по своему происхождению имела ярко выраженные «немецкие корни». Компромисс, достигнутый в результате заключения Аугсбургского мира, не устранил причины разногласий немецких протестантов и католиков. В начале XVII в. влияние католических кругов укрепилось в северо-западной и южной Германии. Иногда это даже сопровождалось вводом войск и оккупацией, как случилось в 1607 г. в имперском городе Донауверте, когда герцог Максимилиан Баварский (1597–1651, с 1623 г. курфюрст Баварии) присоединил город к своим владениям.
Одним из главных требований католических князей являлось возвращение секуляризованных в 1555 г. церковных имуществ. В свою очередь протестанты заявляли о недопустимости нарушений Аугсбургского мира. В такой накаленной атмосфере в начале 1608 г. в Регенсбурге собрался рейхстаг. Проблема религиозного мира вообще и вопрос о Донауверте в частности сразу же оказались в центре внимания. На рейхстаге обозначились полярные позиции Пфальца и его кальвинистских союзников и Баварии во главе с Максимилианом, который стал общепринятым лидером католицизма. Все попытки посредничества оказались тщетными. В итоге принятие решений сделалось невозможным, и рейхстаг был распущен. Так распался последний конституционный и авторитетный орган Империи, исчез последний инструмент к достижению стабильности и согласия. В свою очередь католики и протестанты были обречены на создание собственных альтернативных структур. В 16081609 гг. возникли Евангелическая Уния и Католическая Лига. Они представляли собой военно-политические союзы. Попытка императора Матфея (1612–1619) в 1613 г. реанимировать рейхстаг закончилась провалом, поскольку натолкнулась на клубок непримиримых противоречий.
В происхождении войны немалую роль сыграли также материальные и политические расчеты, когда во имя территориальных приращений немецкие князья шли, например, на смену вероисповедания. Так случилось во время дележа «при-рейнского наследства» (так называемый спор из-за герцогства Юлих-Клеве-Берг). При этом его поделили при участии Англии и Франции, а курфюршество Бранденбург сумело в 1614 г. в качестве польского лена присоединить герцогство Пруссия. Таким образом, назревающее военное столкновение предвещало выйти за рамки территории Империи и стать международной войной. Но главное противоречие состояло в борьбе за европейское лидерство, которая происходила прежде всего в форме противоборства между коалицией испанских и австрийских Габсбургов, хранивших несмотря ни на что верность династическому принципу, и Францией. Другими участниками этого конфликта были Республика Соединенных провинций, Дания и Швеция, для которых Евангелическая Уния была естественным союзником. Голландия продолжала борьбу с Испанией, а протестантские королевства севера опасались усиления роли Габсбургов на северных морских путях и в Северной Германии. Кроме того, датский король был герцогом Шлезвига и Гольштейна, входивших в Империю, и не желал укрепления власти императора.
В годы правления императора Матфея авторитет короны не был восстановлен. Рейхстаг был парализован конфессиональным конфликтом. Лидеры высшего дворянства могли бы решать вопросы на княжеских и курфюршеских съездах, но они оказались не готовы к компромиссам. Эскалацию кризиса отчасти сдерживали внутренние противоречия в союзах. Уния, расширяя контакты с иноземными дружественными державами, становилась все более рыхлой. Она была охвачена спорами вокруг финансирования армии и борьбой за лидерство, на которое все настойчивее претендовал Пфальц. Слабая финансовая и военная стороны Унии серьезно снижали ее вес во внутриимперской борьбе.
Католическая Лига, защищая интересы своих субъектов, подтачивала компромисс Аугсбургской системы. Так же как и Уния, она страдала серьезными внутренними противоречиями: ее ослабляло соперничество Габсбургов и Виттельсбахов (Бавария) по вопросу руководства союзом. В конце концов, Габсбурги уступили Виттельсбахам. К серьезной эрозии союзной структуры эти разногласия не привели, так как большинство католических правителей и прелатов рассматривали ее как защитницу их религиозных и территориальных интересов. Прочная финансовая и военная организация Лиги позволяла ей быть эффективной величиной.
Рост напряженности отразился и на общественном сознании, следствием чего стал общий дух конфронтации, религиозной нетерпимости, повышенной конфликтности. Это ярко проявилось в литературной полемике, которая достигла пика в 1617 г. в столетнюю годовщину Реформации Лютера. Наиболее известными полемистами были дрезденец Гоэ фон Гоэннег и иезуит Адам Концен, которые спорили по вопросу о значении Реформации.